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zeroon

木虫 (正式写手)

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专业: 微生物遗传育种学

[求助] 高分求助大神帮我优化密码子，能不能解决，进来看看也是学习已有2人参与

背景情况是这样的，我现在有一个菌株，已经做了全基因组测序和几个转录组测序，数据都有。
然后呢，我有一段来自酵母的基因序列，要把这段基因放在我这个菌里表达。

前期工作发现，直接把这个基因转入我的菌里，表达量有点低，已经确认启动子没问题，现在判断是密码子没有优化造成的。

而我这个菌目前在各个在线的密码子优化网站中都没有数据。

现在我想优化密码子，请大神指导下，我该具体怎么做？

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1楼 2016-01-09 14:38:33

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MarchZR

银虫 (小有名气)

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专业: 生物化学

密码子优化密码子是一方面，还有其他条件优化，比如特定功能的Motif，GC含量，mRNA二级结构，限制性酶切位点，及后续的蛋白表达条件优化，对表达量都有影响（关于密码子优化文章 http://www.detaibio.com/gene-expression-optimization.html）
如果单针对密码子的话，根据氨基酸密码子的简并性可知，替换密码子表达的蛋白不会改变，因此针对特定的表达系统（原核表达，酵母表达或哺乳动物细胞）将现有序列中个系统不喜欢的密码子替换掉，得到新的基因序列即可，这只是针对密码子优化序列的优化，当然也还有其他的，就另说了