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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » DGGE和高通量测序研究多样性
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梦想飞扬1

金虫 (正式写手)

嗨嗨哒哒

[求助] DGGE和高通量测序研究多样性 已有5人参与

土壤样品，想结合其生态功能（固碳、固氮）研究多样性。
打算用特定引物扩增后，分析功能菌群的多样性。
课题组新买了DGGE，但都说现在DGGE过时了，该用高通量测序，处理稍简单但价格昂贵。
作为一只新手，还在设计课题。不知道哪位大神能分析下这两种手段
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为什么小木虫不能改用户名！！！
1楼 2016-01-08 20:42:41
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liugs

禁虫 (正式写手)
★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰，手有余香，分子生物期待您更多精彩。 2016-01-11 18:56:38
本帖内容被屏蔽
2楼2016-01-09 16:01:11
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阿狸买卖猫

新虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰，手有余香，分子生物期待您更多精彩。 2016-01-11 18:56:46
具体看需要获得什么数据吧，只要用DGGE获得数据就可以不用高通量MiSeq测序，我也是新手，我们就直接用的高通量测序，也不贵，也就200多一个样，自己分析就ok了
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做好当前的事~！
3楼2016-01-11 17:20:31
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美亿美生物

捐助贵宾 (职业作家)

技术服务-实验代做

【答案】应助回帖

商家已经主动声明此回帖可能含有宣传内容
感谢参与，应助指数 +1
首先插个广告：北京美亿美生物，提供此方面服务。
然后是开始给您具体解答：
技术手段每年都在跟新，但分子方面的变化，革命性的突破很少，基本是更快，更强，例如DGGE和高通量测序，本质上的变化是第一代测序升级为了第二代测序，现在正在上第三代，当然以后也会有第四代，五代...
您现在准备用特定引物进行扩增，分析功能菌的多样性，那么我们会建议用DGGE，因为快，简单，分析容易上手
而如果用高通量测序，目前的平台Roche 454 FLX +、Illumina MiSeq等，建一个库是30个样本，样本越多，我们报价是越优惠的，但少，就需要平摊建库和分析费用，一般是10个样本起步才有意义，毕竟后期要进行筛选和删除一些。
最后是，我们有的客户是2个技术都使用，前期先用DGGE出指纹图谱，只测优势带，然后是再用高通量大样本的上机，进行批量测序、需要补充的是，目前的引物是固定的，细菌16SV4区域和真菌ITS2区域的序列测序，测序数据量不低于4万reads。毕竟特殊引物，需要摸索和尝试，成本较高。所以多样性的研究，用固定引物，足够了，但是针对性的研究，不太合适。   如果客户还是想尝试下，也可以，我们按照客户要求进行，算是半定制化服务
建议DGGE定性，加个Qpcr荧光定量PCR，构建标准品曲线进行准确定量，可以随时联系我们，进行技术上的沟通。
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4楼2016-01-11 18:17:39
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美亿美生物

捐助贵宾 (职业作家)

技术服务-实验代做

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 阿狸买卖猫 at 2016-01-11 17:20:31
具体看需要获得什么数据吧，只要用DGGE获得数据就可以不用高通量MiSeq测序，我也是新手，我们就直接用的高通量测序，也不贵，也就200多一个样，自己分析就ok了

200多元一个样本进行测序，确定么。这个价格很低，样本量要大，才可以拿到这个价格
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5楼2016-01-11 18:19:12
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阿狸买卖猫

新虫 (职业作家)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 美亿美生物 at 2016-01-11 18:19:12
200多元一个样本进行测序，确定么。这个价格很低，样本量要大，才可以拿到这个价格...

确定的，自己分析就可以了，不管几个都是这个价
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做好当前的事~！
6楼2016-01-11 19:27:34
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quiller2000

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

200还有很多很多赚的好不好~50/G吧
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致良知
7楼2016-01-12 20:19:03
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mao081312

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

简单一点，DGGE跑胶鉴定，胶条就那么长，能鉴定到的有限，如果你还想知道这些每个条带是什么菌，可能还需要哦通过一代测序进行测序，这样成本就高了，所以，一般说的低成本DGGE，仅仅只能大致看一看这个样本中有多少菌，并不能知晓这些菌是什么。高通量测序就解决了后边的这个问题，但是高通量测序也有局限性，那就是仪器读长，Miseq最长也就能测PE300的文库，也即长度仅为2*300=600bp，这还是包括了测序过程中加入的barcode和index序列，实际上能识别的目标序列是不能超过500bp，所以需要有合适的引物，才能做一些特殊的功能基因片段，不过固氮的能做，一般用nifH就能测出来固氮菌的多样性，固碳方面职能通过普通的16S来做一些大致的研究了，没有专门的引物。
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8楼2016-02-20 18:35:33
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