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DS中solvation和minimization的具体问题
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用DS 在做一个蛋白的建模,建模的模型评价挺高。经过优化之后,评价就降得很低。 问题1:在做solvation的时候,我看书上要求体系和溶液的密度一致,选用长方形盒子这个怎么保证?Minimum Distance From Boundary具体是什么意思,是设置溶剂盒子大小的吗?我计算的盒子L=42埃,但不知道怎样设置 问题2:solvation之后试着做了minimization,优化使用Steepest Descent和Conjugate Gradient两种方法,Steepest Descent直至RMS Gradient <0.1 kcal/mol,Conjugate Gradient直至RMS Gradient <0.001 kcal/mol,不知道是不是我过分追求能量低,优化的结果评价都不高,但是如果能量没降下来,是不能做分子动力学模拟的 问题3:在优化过程中设置3个束缚,最后再全释放,比如说我先束缚重原子,优化H,设置了constraint之后,要把minimization和dynamic的步骤都做完之后,再去设置另一个束缚,再做minimization和dynamic,是这样的吗? |
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