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DS中solvation和minimization的具体问题
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用DS 在做一个蛋白的建模，建模的模型评价挺高。经过优化之后，评价就降得很低。 问题1：在做solvation的时候，我看书上要求体系和溶液的密度一致，选用长方形盒子这个怎么保证？Minimum Distance From Boundary具体是什么意思，是设置溶剂盒子大小的吗？我计算的盒子L=42埃，但不知道怎样设置 问题2：solvation之后试着做了minimization，优化使用Steepest Descent和Conjugate Gradient两种方法，Steepest Descent直至RMS Gradient <0.1 kcal/mol，Conjugate Gradient直至RMS Gradient <0.001 kcal/mol，不知道是不是我过分追求能量低，优化的结果评价都不高，但是如果能量没降下来，是不能做分子动力学模拟的 问题3：在优化过程中设置3个束缚，最后再全释放，比如说我先束缚重原子，优化H，设置了constraint之后，要把minimization和dynamic的步骤都做完之后，再去设置另一个束缚，再做minimization和dynamic，是这样的吗？ |
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