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anhaishan

木虫 (正式写手)

[求助] Tail-PCR交流已有1人参与

有做过TAIL-PCR的小伙伴没,最近在用Tail-PCR查找某基因的启动子,但第二轮和第三轮产物,均为弥散条带 (这里就不上图了),连续做了将近一个月了,一直是这样的结果,不知问题出在哪里,望高手指点
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anhaishan

木虫 (正式写手)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 温水煮鱼 at 2017-02-24 09:51:42
你好,请问你跑电泳的时候。是会出现很多条带吗?是用第三轮的出现的条带进行测序吗?...

是的,当时我的结果不是很理想,条带一直都很弥散
9楼2017-02-24 14:29:46
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反应链

新虫 (正式写手)

How many arbitrary primers did you test in combination with a set of gene-specific primers? "The use of large number of 10 mers increases the probability of amplifying long target sequences."
For isolation of the 5'-flanking regions of Pal gene, ten of the 16 arbitrary primers resluted in amplification of discrete PCR products.
For isolation of the 5'-flanking region of the Pgi gene, only five of the 16 arbitrary primers were found to result in the desired products.

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  • 附件 1 : rapid_isolation_of_promoter_sequences.pdf
  • 2015-12-30 21:51:54, 288.51 K
2楼2015-12-30 21:52:58
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anhaishan

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 反应链 at 2015-12-30 21:52:58
How many arbitrary primers did you test in combination with a set of gene-specific primers? "The use of large number of 10 mers increases the probability of amplifying long target sequences.&quo ...

我扩增时用的是,6对上游随机引物 (LAD1-5, AC)和3对下游基因特异性引物(SP1-3), 一直是弥散条带,期间换了几套SP引物但效果并不好,具体问题不知道出在哪里。(引物及程序详见附件)
Tail-PCR交流
QQ图片20160103170914.png


Tail-PCR交流-1
1.png


Tail-PCR交流-2
2.png


Tail-PCR交流-3
3.png

3楼2016-01-04 15:46:03
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冰城'若雪

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

一定要将基因组纯化之后再进行第一轮pcr,第一轮产物可能没有条带,或者条带严重拖尾,这属于正常现象,然后将第一轮产物稀释不同的倍数(20/100/500/1000)进行第二轮扩增,再将第二轮中有条带的产物进行稀释再进行第三轮。同时可以提高退火温度和增加延伸时间来增加特异性。两个月前做过,注意,加样一定要在冰上加,用qpcrmix可以减少加样的误差,提高实验的成功率。加油了,希望能对你有帮助

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4楼2016-01-04 22:19:16
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