24小时热门版块排行榜    

查看: 1849  |  回复: 9
【悬赏金币】回答本帖问题,作者anhaishan将赠送您 10 个金币

anhaishan

木虫 (正式写手)

[求助] Tail-PCR交流已有1人参与

有做过TAIL-PCR的小伙伴没,最近在用Tail-PCR查找某基因的启动子,但第二轮和第三轮产物,均为弥散条带 (这里就不上图了),连续做了将近一个月了,一直是这样的结果,不知问题出在哪里,望高手指点
回复此楼

» 收录本帖的淘贴专辑推荐

核酸方面

» 猜你喜欢

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

反应链

新虫 (正式写手)

How many arbitrary primers did you test in combination with a set of gene-specific primers? "The use of large number of 10 mers increases the probability of amplifying long target sequences."
For isolation of the 5'-flanking regions of Pal gene, ten of the 16 arbitrary primers resluted in amplification of discrete PCR products.
For isolation of the 5'-flanking region of the Pgi gene, only five of the 16 arbitrary primers were found to result in the desired products.

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈:小木虫仅提供交流平台,不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布,如果其内容涉及到知识产权问题,其责任在于用户本人,如对版权有异议,请联系邮箱:libolin3@tal.com
  • 附件 1 : rapid_isolation_of_promoter_sequences.pdf
  • 2015-12-30 21:51:54, 288.51 K
2楼2015-12-30 21:52:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

anhaishan

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 反应链 at 2015-12-30 21:52:58
How many arbitrary primers did you test in combination with a set of gene-specific primers? "The use of large number of 10 mers increases the probability of amplifying long target sequences.&quo ...

我扩增时用的是,6对上游随机引物 (LAD1-5, AC)和3对下游基因特异性引物(SP1-3), 一直是弥散条带,期间换了几套SP引物但效果并不好,具体问题不知道出在哪里。(引物及程序详见附件)
Tail-PCR交流
QQ图片20160103170914.png


Tail-PCR交流-1
1.png


Tail-PCR交流-2
2.png


Tail-PCR交流-3
3.png

3楼2016-01-04 15:46:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

冰城'若雪

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

一定要将基因组纯化之后再进行第一轮pcr,第一轮产物可能没有条带,或者条带严重拖尾,这属于正常现象,然后将第一轮产物稀释不同的倍数(20/100/500/1000)进行第二轮扩增,再将第二轮中有条带的产物进行稀释再进行第三轮。同时可以提高退火温度和增加延伸时间来增加特异性。两个月前做过,注意,加样一定要在冰上加,用qpcrmix可以减少加样的误差,提高实验的成功率。加油了,希望能对你有帮助

发自小木虫Android客户端

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

4楼2016-01-04 22:19:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

anhaishan

木虫 (正式写手)

送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by 冰城'若雪 at 2016-01-04 22:19:16
一定要将基因组纯化之后再进行第一轮pcr,第一轮产物可能没有条带,或者条带严重拖尾,这属于正常现象,然后将第一轮产物稀释不同的倍数(20/100/500/1000)进行第二轮扩增,再将第二轮中有条带的产物进行稀释再进 ...

十分谢谢,我的DNA模板使用试剂盒提的(提完之后未纯化直接用的),第二轮、第三轮模板均为上一轮100或1000倍稀释物,目前正在调退火温度,感谢您的建议回头我纯化一下DNA再试试
5楼2016-01-05 11:01:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

23柚子茶23

新虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 冰城'若雪 at 2016-01-04 22:19:16
一定要将基因组纯化之后再进行第一轮pcr,第一轮产物可能没有条带,或者条带严重拖尾,这属于正常现象,然后将第一轮产物稀释不同的倍数(20/100/500/1000)进行第二轮扩增,再将第二轮中有条带的产物进行稀释再进 ...

请问一下设计随机引物有什么好的方法

发自小木虫Android客户端
6楼2016-04-19 15:51:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiang叶

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 冰城'若雪 at 2016-01-04 22:19:16
一定要将基因组纯化之后再进行第一轮pcr,第一轮产物可能没有条带,或者条带严重拖尾,这属于正常现象,然后将第一轮产物稀释不同的倍数(20/100/500/1000)进行第二轮扩增,再将第二轮中有条带的产物进行稀释再进 ...

纯化基因组是去蛋白去RNA吗
7楼2016-09-28 10:00:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

温水煮鱼

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by anhaishan at 2016-01-04 15:46:03
我扩增时用的是,6对上游随机引物 (LAD1-5, AC)和3对下游基因特异性引物(SP1-3), 一直是弥散条带,期间换了几套SP引物但效果并不好,具体问题不知道出在哪里。(引物及程序详见附件)

QQ图片20160103170914.pn ...

你好,请问你跑电泳的时候。是会出现很多条带吗?是用第三轮的出现的条带进行测序吗?
8楼2017-02-24 09:51:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

anhaishan

木虫 (正式写手)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 温水煮鱼 at 2017-02-24 09:51:42
你好,请问你跑电泳的时候。是会出现很多条带吗?是用第三轮的出现的条带进行测序吗?...

是的,当时我的结果不是很理想,条带一直都很弥散
9楼2017-02-24 14:29:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

正在输入//

铁虫 (初入文坛)

能帮我解决下继续延伸的问题吗,就是上游随机引物结合过的位置在继续往前延伸的时候还会结合到那个位置,导致延伸不出来条带,请问怎么解决

发自小木虫IOS客户端
10楼2017-03-04 11:29:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 anhaishan 的主题更新
不应助 确定回帖应助 (注意:应助才可能被奖励,但不允许灌水,必须填写15个字符以上)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 太卷了 +7 shuigubio 2024-06-17 16/800 2024-06-17 18:20 by shuigubio
[基金申请] 博后基金刷到的BUG,图片来的更直观 +4 carolloo 2024-06-17 5/250 2024-06-17 18:17 by 幸运小将
[考博] 34岁读博士晚吗 +30 emitdne 2024-06-13 30/1500 2024-06-17 17:08 by 白米粒向日葵
[基金申请] 2024国社科通讯评审 +11 qsd10086 2024-06-13 21/1050 2024-06-17 15:49 by 张郎才进
[找工作] 初始合伙人来啦!(生物试剂耗材标准品) +10 欢快的小科研人 2024-06-15 19/950 2024-06-17 14:16 by 欢快的小科研人
[考博] 这个博士要读吗 +9 Sea Breeze 2024-06-16 12/600 2024-06-17 12:08 by zeolitess
[硕博家园] 博士毕业高校和就业的相关问题 +6 SCITOPPP 2024-06-14 10/500 2024-06-17 10:08 by SCITOPPP
[找工作] 成都产品质量检测研究院 200+3 鲸鱼663 2024-06-11 10/500 2024-06-17 08:31 by yudaoqian88
[找工作] 江西双非一本和四川双一流高校如何选择? 5+8 寒山敲钟 2024-06-12 25/1250 2024-06-16 22:05 by zhaojiang427
[论文投稿] 二审返修送审10天了,原来一审的3个审稿人只有2个接受了审稿,会邀请新审稿人么? 50+3 huanpo116 2024-06-15 5/250 2024-06-16 10:27 by bobvan
[考博] 上海交大招收材料化学方向科研助理/“申请考核”博士(已招满) +3 灵梦and紫 2024-06-12 4/200 2024-06-15 20:58 by 1822836277
[基金申请] BO4的YQ答辩通知发布了吗? +6 博学笃行 2024-06-11 6/300 2024-06-15 16:04 by 悲催科研狗
[考研] 物理化学一对一辅导 +3 林大diao 2024-06-12 5/250 2024-06-14 20:57 by 林大diao
[基金申请] 博士后基金需要结题吗? +8 zhouchuck 2024-06-13 8/400 2024-06-14 17:27 by liuyupu132
[硕博家园] 关于硕博连读的一些疑问? +4 Lwenter 2024-06-14 4/200 2024-06-14 14:32 by ou0551
[有机交流] ππ堆积会发生在有机溶剂中吗 5+3 zibuyu0420 2024-06-13 4/200 2024-06-14 14:17 by 小肉干
[论文投稿] 投稿后发现其他作者的邮箱填错了该怎么办呀 10+4 在飞的猪 2024-06-13 6/300 2024-06-14 04:45 by 小虫子咔咔
[有机交流] 原料反应完了,怎么知道是产物还是中间体 +6 小胡在努力 2024-06-11 8/400 2024-06-13 13:33 by 091602
[论文投稿] with editor日期变更 +3 慎独的小花卷 2024-06-12 8/400 2024-06-13 11:00 by 慎独的小花卷
[硕博家园] 申博 +3 悦悦小小鱼 2024-06-12 3/150 2024-06-12 15:11 by chen5805
信息提示
请填处理意见