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吉米爱多

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] 关于Gromacs压力耦合方式的设置

附图中,“蒙脱石+水”图是我的模拟体系。我用NPT预平衡的时候,采用了semi--isotropic的压力耦合,发现实际压力距离设定值差别很大(“压力”图),Z方向的压力基本和设定的500bar接近,但是在X/Y方向,压力距离设定的500bar差得很远。“mdp参数”图是我的压力耦合这块的参数。
请教各位,有没有设置过semiisotropic的,可否借鉴下你们这块压力耦合的设置?

关于Gromacs压力耦合方式的设置
mdp参数.jpg


关于Gromacs压力耦合方式的设置-1
蒙脱石+水.jpg


关于Gromacs压力耦合方式的设置-2
压力.jpg
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最爱马良

新虫 (初入文坛)

楼主,有没有找到解决办法啊,,,能说一下?感激不尽
3楼2018-10-30 09:20:42
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月灯三昧

金虫 (小有名气)

楼主,问题解决了吗?我也遇到类似的问题了,npt平衡的结果压力相差很大很大
2楼2016-11-21 22:08:38
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