24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 3013  |  回复: 10
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

qinform

木虫 (著名写手)

[求助] 天津超算安装vasp,编译看起来没有问题,运行出现错误 已有1人参与

天津超算安装vasp,编译看起来没有问题,运行出现错误:
MKL FATAL ERROR on loading the function mkl_blas_mc3_idamax.
MKL FATAL ERROR on loading the function mkl_blas_mc3_idamax.
MKL FATAL ERROR on loading the function mkl_blas_mc3_idamax.
MKL FATAL ERROR on loading the function mkl_blas_mc3_idamax.
MKL FATAL ERROR on loading the function mkl_blas_mc3_idamax.
MKL FATAL ERROR on loading the function mkl_blas_mc3_idamax.
MKL FATAL ERROR on loading the function mkl_blas_mc3_idamax.
MKL FATAL ERROR on loading the function mkl_blas_mc3_idamax.
MKL FATAL ERROR on loading the function mkl_blas_mc3_idamax.
MKL FATAL ERROR on loading the function mkl_blas_mc3_idamax.
yhrun: error: cn3969: tasks 0-11: Exited with exit code 1

编译成功之后曾经成功运行一次,第二天就错误百出比如缺少libmkl_blacs_intelmpi_lp64.so ,或者缺少libguide.so等。
目前就剩下这一个错误,不知道有人遇到没? 怎么解决的?

这里是ldd vasp 的结果,看起来不缺什么。
        linux-vdso.so.1 =>  (0x00007fff0b7d9000)
        libmkl_blacs_intelmpi_lp64.so => /vol6/intel_composer_xe_2013.0.079_lib/libmkl_blacs_intelmpi_lp64.so (0x00002b1ae4f41000)
        libguide.so => /vol6/lib/libguide.so (0x00002b1ae517a000)
        libpmi.so.0 => /usr/lib64/libpmi.so.0 (0x00002b1ae5327000)
        libpthread.so.0 => /lib64/libpthread.so.0 (0x0000003dfe400000)
        librt.so.1 => /lib64/librt.so.1 (0x0000003dfec00000)
        libuuid.so.1 => /lib64/libuuid.so.1 (0x0000003e08000000)
        libmkl_intel_lp64.so => /vol6/lib/libmkl_intel_lp64.so (0x00002b1ae552d000)
        libmkl_intel_thread.so => /vol6/intel_composer_xe_2013.0.079_lib/libmkl_intel_thread.so (0x00002b1ae5c7a000)
        libmkl_core.so => /vol6/lib/libmkl_core.so (0x00002b1ae6bee000)
        libiomp5.so => /vol6/lib/libiomp5.so (0x00002b1ae7de9000)
        libm.so.6 => /vol6/lib/libm.so.6 (0x0000003bd6e00000)
        libc.so.6 => /vol6/lib/libc.so.6 (0x0000003bd6600000)
        libgcc_s.so.1 => /lib64/libgcc_s.so.1 (0x0000003e09000000)
        libdl.so.2 => /lib64/libdl.so.2 (0x0000003dfe000000)
        libslurm.so.26 => /usr/lib64/libslurm.so.26 (0x00002b1ae7f90000)
        /lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x0000003dfd800000)
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

八龙尊者

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

» 猜你喜欢

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qinform

木虫 (著名写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by jimsmart at 2015-12-28 23:38:26
能够成功运行过一次,我觉得问题应该不大,那您就回忆一下成功之后到出问题这段时间的操作是什么,有没有可能影响程序执行的地方,作为一个反思式的参考.
    第二,解决不了的话,不如重新装系统和软件,因为您的硬件并没 ...

可能的情况是我第一次安装和运行的时候环境变量设置正确了,当时也就是按照手册设的,因为当时比较晚了,就退出系统了。第二天早上怎么就运行不了了。然后就试着设置各种环境变量,软件可以重新编译,却运行不了。
感谢回复。
7楼2015-12-29 08:33:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答

未岸亡灵

铁杆木虫 (著名写手)

暂时离开小木虫


【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
qinform: 金币+2, ★★★很有帮助 2015-12-28 20:40:26
最好提交作业的脚本里加一个source intel的mkl库的命令,和其他库的命令。
不然你去计算节点ldd vasp看有没有缺少库
2楼2015-12-28 20:26:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qinform

木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 未岸亡灵 at 2015-12-28 20:26:09
最好提交作业的脚本里加一个source intel的mkl库的命令,和其他库的命令。
不然你去计算节点ldd vasp看有没有缺少库

已经试了在提交作业的脚本里加一个source intel的mkl库的命令,和其他库的命令。
错误依然存在。
看了手册,不能直接登录计算节点
不过依然感谢给出建议
3楼2015-12-28 20:39:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

未岸亡灵

铁杆木虫 (著名写手)

暂时离开小木虫


【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
qinform: 金币+4, ★★★★★最佳答案 2015-12-28 21:05:48
引用回帖:
3楼: Originally posted by qinform at 2015-12-28 20:39:49
已经试了在提交作业的脚本里加一个source intel的mkl库的命令,和其他库的命令。
错误依然存在。
看了手册,不能直接登录计算节点
不过依然感谢给出建议...

把执行vasp命令的一行改成ldd [vasp路径] > log 写到提交提交作业的脚本里。其他不变,提交作业之后检查log文件看是否库是全的。
比如:
ldd /soft/vasp5.2-VTST/vasp.5.2/vasp > log

自然就能检查到计算节点vasp库的配置情况了
4楼2015-12-28 20:53:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[论文投稿] 期刊推荐 +3 材料研究生 2026-04-15 5/250 2026-04-20 16:02 by 豆豆7758
[论文投稿] 有没有接收比较快的sci期刊呀,最好在一个月之内的,研三孩子求毕业 20+4 之护着 2026-04-16 7/350 2026-04-20 15:45 by 豆豆7758
[教师之家] 又一批高校组建人工智能学院 师资行吗 不是骗人吗 +4 yexuqing 2026-04-19 4/200 2026-04-20 14:47 by brantleo
[考研] 337求调剂 +3 jyz04 2026-04-18 3/150 2026-04-20 12:24 by 研可安
[考博] 申博/考博 +4 啃面包的小书虫 2026-04-17 5/250 2026-04-20 10:47 by YuY66
[考研] 求计算机方向调剂 +3 Toffee2 2026-04-16 6/300 2026-04-19 22:37 by ll叶
[考研] 297,工科调剂? +11 河南农业大学-能 2026-04-14 11/550 2026-04-19 20:07 by Equinoxhua
[考研] 294求调剂 +8 淡然654321 2026-04-17 9/450 2026-04-19 19:51 by Equinoxhua
[考研] 291求调剂 +11 关忆北. 2026-04-14 11/550 2026-04-19 17:16 by 中豫男
[考研] 求调剂推荐 +9 小聂爱学习 2026-04-14 9/450 2026-04-19 17:03 by 中豫男
[考研] 求调剂 +10 小聂爱学习 2026-04-16 12/600 2026-04-19 16:51 by 中豫男
[考研] 291求调剂 +12 关忆北. 2026-04-14 13/650 2026-04-19 16:50 by 中豫男
[考研] 求调剂 +6 苦命人。。。 2026-04-18 7/350 2026-04-19 16:27 by 中豫男
[考研] 294求调剂 +15 淡然654321 2026-04-15 15/750 2026-04-19 08:20 by cuisz
[考研] 0854求调剂 +23 门路摸摸 2026-04-15 27/1350 2026-04-19 01:59 by 烟雨流涯
[考研] 297,工科调剂? +5 河南农业大学-能 2026-04-14 5/250 2026-04-18 15:17 by Equinoxhua
[考研] 22408 312求调剂 +24 门路摸摸 2026-04-14 26/1300 2026-04-18 13:04 by wunaiy88
[考研] 一志愿华中农业071010,320求调剂 +17 困困困困坤坤 2026-04-14 19/950 2026-04-17 20:08 by 关一盏灯cd
[有机交流] 二苯甲酮酸类衍生物 50+3 小白爱主人 2026-04-17 6/300 2026-04-17 18:47 by kf2781974
[考研] 一志愿沪9,生物学326求调剂 +9 刘墨墨 2026-04-15 9/450 2026-04-16 17:14 by 崔崔崔cccc
信息提示
请填处理意见