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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 天津超算安装vasp，编译看起来没有问题，运行出现错误
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qinform

木虫 (著名写手)

[求助] 天津超算安装vasp，编译看起来没有问题，运行出现错误 已有1人参与

天津超算安装vasp，编译看起来没有问题，运行出现错误：
MKL FATAL ERROR on loading the function mkl_blas_mc3_idamax.
MKL FATAL ERROR on loading the function mkl_blas_mc3_idamax.
MKL FATAL ERROR on loading the function mkl_blas_mc3_idamax.
MKL FATAL ERROR on loading the function mkl_blas_mc3_idamax.
MKL FATAL ERROR on loading the function mkl_blas_mc3_idamax.
MKL FATAL ERROR on loading the function mkl_blas_mc3_idamax.
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yhrun: error: cn3969: tasks 0-11: Exited with exit code 1

编译成功之后曾经成功运行一次，第二天就错误百出比如缺少libmkl_blacs_intelmpi_lp64.so ，或者缺少libguide.so等。
目前就剩下这一个错误，不知道有人遇到没？ 怎么解决的？

这里是ldd vasp 的结果，看起来不缺什么。
        linux-vdso.so.1 =>  (0x00007fff0b7d9000)
        libmkl_blacs_intelmpi_lp64.so => /vol6/intel_composer_xe_2013.0.079_lib/libmkl_blacs_intelmpi_lp64.so (0x00002b1ae4f41000)
        libguide.so => /vol6/lib/libguide.so (0x00002b1ae517a000)
        libpmi.so.0 => /usr/lib64/libpmi.so.0 (0x00002b1ae5327000)
        libpthread.so.0 => /lib64/libpthread.so.0 (0x0000003dfe400000)
        librt.so.1 => /lib64/librt.so.1 (0x0000003dfec00000)
        libuuid.so.1 => /lib64/libuuid.so.1 (0x0000003e08000000)
        libmkl_intel_lp64.so => /vol6/lib/libmkl_intel_lp64.so (0x00002b1ae552d000)
        libmkl_intel_thread.so => /vol6/intel_composer_xe_2013.0.079_lib/libmkl_intel_thread.so (0x00002b1ae5c7a000)
        libmkl_core.so => /vol6/lib/libmkl_core.so (0x00002b1ae6bee000)
        libiomp5.so => /vol6/lib/libiomp5.so (0x00002b1ae7de9000)
        libm.so.6 => /vol6/lib/libm.so.6 (0x0000003bd6e00000)
        libc.so.6 => /vol6/lib/libc.so.6 (0x0000003bd6600000)
        libgcc_s.so.1 => /lib64/libgcc_s.so.1 (0x0000003e09000000)
        libdl.so.2 => /lib64/libdl.so.2 (0x0000003dfe000000)
        libslurm.so.26 => /usr/lib64/libslurm.so.26 (0x00002b1ae7f90000)
        /lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x0000003dfd800000)
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obaica

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1楼 2015-12-28 20:20:48
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jimsmart

捐助贵宾 (职业作家)
能够成功运行过一次,我觉得问题应该不大,那您就回忆一下成功之后到出问题这段时间的操作是什么,有没有可能影响程序执行的地方,作为一个反思式的参考.
    第二,解决不了的话,不如重新装系统和软件,因为您的硬件并没有问题,而这个软件对您来说是至关重要的.为了一个至关重要的目标,牺牲一些时间与精力还是值得的.
    祝您好运.
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6楼2015-12-28 23:38:26
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qinform

木虫 (著名写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by obaica at 2016-03-11 22:36:51
楼主，天河超算那个错误，你最后怎么解决的，求赐教，谢谢！

把参数从头开始设置 ，貌似 就好了。
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9楼2016-03-12 23:37:57
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qinform

木虫 (著名写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by obaica at 2016-03-11 22:36:51
楼主，天河超算那个错误，你最后怎么解决的，求赐教，谢谢！

实在不行 可以找他们的工作人员来安装
他们其实有安装好的，直接复制给你就好了
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10楼2016-03-12 23:39:32
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未岸亡灵

铁杆木虫 (著名写手)

暂时离开小木虫

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
qinform: 金币+2, ★★★很有帮助 2015-12-28 20:40:26
最好提交作业的脚本里加一个source intel的mkl库的命令，和其他库的命令。
不然你去计算节点ldd vasp看有没有缺少库
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2楼2015-12-28 20:26:09
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qinform

木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 未岸亡灵 at 2015-12-28 20:26:09
最好提交作业的脚本里加一个source intel的mkl库的命令，和其他库的命令。
不然你去计算节点ldd vasp看有没有缺少库

已经试了在提交作业的脚本里加一个source intel的mkl库的命令，和其他库的命令。
错误依然存在。
看了手册，不能直接登录计算节点
不过依然感谢给出建议
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3楼2015-12-28 20:39:49
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未岸亡灵

铁杆木虫 (著名写手)

暂时离开小木虫

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
qinform: 金币+4, ★★★★★最佳答案 2015-12-28 21:05:48
引用回帖:
3楼: Originally posted by qinform at 2015-12-28 20:39:49
已经试了在提交作业的脚本里加一个source intel的mkl库的命令，和其他库的命令。
错误依然存在。
看了手册，不能直接登录计算节点
不过依然感谢给出建议...

把执行vasp命令的一行改成ldd [vasp路径] > log 写到提交提交作业的脚本里。其他不变，提交作业之后检查log文件看是否库是全的。
比如：
ldd /soft/vasp5.2-VTST/vasp.5.2/vasp > log

自然就能检查到计算节点vasp库的配置情况了
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4楼2015-12-28 20:53:48
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qinform

木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 未岸亡灵 at 2015-12-28 20:53:48
把执行vasp命令的一行改成ldd  > log 写到提交提交作业的脚本里。其他不变，提交作业之后检查log文件看是否库是全的。
比如：
ldd /soft/vasp5.2-VTST/vasp.5.2/vasp > log

自然就能检查到计算节点vasp ...

按照你说的办法，确实查到了 库不全
        linux-vdso.so.1 =>  (0x00007fff297ee000)
        libmkl_blacs_intelmpi_lp64.so => not found
        libguide.so => not found
        libpmi.so.0 => /usr/lib64/libpmi.so.0 (0x00002b5a7e354000)
        libpthread.so.0 => /lib64/libpthread.so.0 (0x00000039c9e00000)
        librt.so.1 => /lib64/librt.so.1 (0x00000039ca600000)
        libuuid.so.1 => /lib64/libuuid.so.1 (0x00000039d4600000)
        libmkl_intel_lp64.so => not found
        libmkl_intel_thread.so => not found
        libmkl_core.so => not found
        libiomp5.so => /usr/lib64/libiomp5.so (0x00002b5a7e55b000)
        libm.so.6 => /lib64/libm.so.6 (0x00000039ca200000)
        libc.so.6 => /lib64/libc.so.6 (0x00000039c9a00000)
        libgcc_s.so.1 => /lib64/libgcc_s.so.1 (0x00000039d5600000)
        libdl.so.2 => /lib64/libdl.so.2 (0x00000039c9600000)
        libslurm.so.26 => /usr/lib64/libslurm.so.26 (0x00002b5a7e855000)
        /lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x00000039c9200000)


刚刚发现，“提交作业的脚本里加一个source intel的mkl库的命令”可能我加错了，没加上，能不能告诉怎么加？
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5楼2015-12-28 21:07:56
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qinform

木虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by jimsmart at 2015-12-28 23:38:26
能够成功运行过一次,我觉得问题应该不大,那您就回忆一下成功之后到出问题这段时间的操作是什么,有没有可能影响程序执行的地方,作为一个反思式的参考.
    第二,解决不了的话,不如重新装系统和软件,因为您的硬件并没 ...

可能的情况是我第一次安装和运行的时候环境变量设置正确了，当时也就是按照手册设的，因为当时比较晚了，就退出系统了。第二天早上怎么就运行不了了。然后就试着设置各种环境变量，软件可以重新编译，却运行不了。
感谢回复。
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7楼2015-12-29 08:33:15
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obaica

禁言 (著名写手)
送红花一朵
本帖内容被屏蔽
8楼2016-03-11 22:36:51
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