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qinform木虫 (著名写手)
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天津超算安装vasp，编译看起来没有问题，运行出现错误 已有1人参与
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天津超算安装vasp，编译看起来没有问题，运行出现错误： MKL FATAL ERROR on loading the function mkl_blas_mc3_idamax. MKL FATAL ERROR on loading the function mkl_blas_mc3_idamax. MKL FATAL ERROR on loading the function mkl_blas_mc3_idamax. MKL FATAL ERROR on loading the function mkl_blas_mc3_idamax. MKL FATAL ERROR on loading the function mkl_blas_mc3_idamax. MKL FATAL ERROR on loading the function mkl_blas_mc3_idamax. MKL FATAL ERROR on loading the function mkl_blas_mc3_idamax. MKL FATAL ERROR on loading the function mkl_blas_mc3_idamax. MKL FATAL ERROR on loading the function mkl_blas_mc3_idamax. MKL FATAL ERROR on loading the function mkl_blas_mc3_idamax. yhrun: error: cn3969: tasks 0-11: Exited with exit code 1 编译成功之后曾经成功运行一次，第二天就错误百出比如缺少libmkl_blacs_intelmpi_lp64.so ，或者缺少libguide.so等。 目前就剩下这一个错误，不知道有人遇到没？ 怎么解决的？ 这里是ldd vasp 的结果，看起来不缺什么。 linux-vdso.so.1 => (0x00007fff0b7d9000) libmkl_blacs_intelmpi_lp64.so => /vol6/intel_composer_xe_2013.0.079_lib/libmkl_blacs_intelmpi_lp64.so (0x00002b1ae4f41000) libguide.so => /vol6/lib/libguide.so (0x00002b1ae517a000) libpmi.so.0 => /usr/lib64/libpmi.so.0 (0x00002b1ae5327000) libpthread.so.0 => /lib64/libpthread.so.0 (0x0000003dfe400000) librt.so.1 => /lib64/librt.so.1 (0x0000003dfec00000) libuuid.so.1 => /lib64/libuuid.so.1 (0x0000003e08000000) libmkl_intel_lp64.so => /vol6/lib/libmkl_intel_lp64.so (0x00002b1ae552d000) libmkl_intel_thread.so => /vol6/intel_composer_xe_2013.0.079_lib/libmkl_intel_thread.so (0x00002b1ae5c7a000) libmkl_core.so => /vol6/lib/libmkl_core.so (0x00002b1ae6bee000) libiomp5.so => /vol6/lib/libiomp5.so (0x00002b1ae7de9000) libm.so.6 => /vol6/lib/libm.so.6 (0x0000003bd6e00000) libc.so.6 => /vol6/lib/libc.so.6 (0x0000003bd6600000) libgcc_s.so.1 => /lib64/libgcc_s.so.1 (0x0000003e09000000) libdl.so.2 => /lib64/libdl.so.2 (0x0000003dfe000000) libslurm.so.26 => /usr/lib64/libslurm.so.26 (0x00002b1ae7f90000) /lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x0000003dfd800000) |
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4楼2015-12-28 20:53:48
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3楼2015-12-28 20:39:49
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按照你说的办法，确实查到了 库不全 linux-vdso.so.1 => (0x00007fff297ee000) libmkl_blacs_intelmpi_lp64.so => not found libguide.so => not found libpmi.so.0 => /usr/lib64/libpmi.so.0 (0x00002b5a7e354000) libpthread.so.0 => /lib64/libpthread.so.0 (0x00000039c9e00000) librt.so.1 => /lib64/librt.so.1 (0x00000039ca600000) libuuid.so.1 => /lib64/libuuid.so.1 (0x00000039d4600000) libmkl_intel_lp64.so => not found libmkl_intel_thread.so => not found libmkl_core.so => not found libiomp5.so => /usr/lib64/libiomp5.so (0x00002b5a7e55b000) libm.so.6 => /lib64/libm.so.6 (0x00000039ca200000) libc.so.6 => /lib64/libc.so.6 (0x00000039c9a00000) libgcc_s.so.1 => /lib64/libgcc_s.so.1 (0x00000039d5600000) libdl.so.2 => /lib64/libdl.so.2 (0x00000039c9600000) libslurm.so.26 => /usr/lib64/libslurm.so.26 (0x00002b5a7e855000) /lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x00000039c9200000) 刚刚发现，“提交作业的脚本里加一个source intel的mkl库的命令”可能我加错了，没加上，能不能告诉怎么加？ |
5楼2015-12-28 21:07:56
