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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 分子对接请教
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阿狸1205

捐助贵宾 (小有名气)

[求助] 分子对接请教 已有2人参与

现在刚学autodock，基本会用了，可是autodock上不能做 蛋白质和受体对接吗？哪个软件既可以做小分子对接又可以做蛋白质大分子的对接呢？
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1楼 2015-12-28 16:14:03
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阿狸1205

捐助贵宾 (小有名气)
如果不是用同一个软件做的结果是不是不能放在一起比较的？
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2楼2015-12-28 16:16:02
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
阿狸1205: 金币+1, ★有帮助 2016-01-15 09:50:19
autodock一般做大分子与小分子对接，HEX可以进行大分子-大分子对接
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3楼2016-01-14 10:54:30
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ding_xy

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
阿狸1205: 金币+2, ★★★很有帮助 2016-01-15 09:50:26
是不是一个软件得到的结果——也要看你的算法选择：软件一样，算法不一样，肯定就不能平行比较了；软件不一样，算法一样，估计也不好比较
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4楼2016-01-14 11:33:20
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waltq

木虫 (正式写手)
楼主，我也在学习分子对接，好不容易走到autodock这一步，但是dlg文件又打不开，出现下面的问题，看了半天不知所云。望楼主指点一下。另外，我的系统是32位win7。
IDLE 1.2.2      ==== No Subprocess ====
>>> exception in _buildInputLig
ERROR *********************************************
Traceback (most recent call last):
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\ViewerFramework\VF.py", line 898, in tryto
    result = command( *args, **kw )
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\autoanalyzeCommands.py", line 3852, in doit
    d.readDlg(dlgFile)
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\Docking.py", line 105, in readDlg
    self.ch = ConformationHandler(self.ligMol,
AttributeError: Docking instance has no attribute 'ligMol'
Exception in Tkinter callback
Traceback (most recent call last):
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\lib-tk\Tkinter.py", line 1403, in __call__
    return self.func(*args)
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\autoanalyzeCommands.py", line 5482, in guiCallback
    if hasattr(d.ligMol, 'vina_energy'):
AttributeError: Docking instance has no attribute 'ligMol'
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waltq
5楼2016-03-04 17:08:49
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雷elly

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by waltq at 2016-03-04 17:08:49
楼主，我也在学习分子对接，好不容易走到autodock这一步，但是dlg文件又打不开，出现下面的问题，看了半天不知所云。望楼主指点一下。另外，我的系统是32位win7。
IDLE 1.2.2      ==== No Subprocess ====
& ...

求指教，也是这一步出了问题，要哭了
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6楼2017-12-30 19:56:02
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