24小时热门版块排行榜    

查看: 1938  |  回复: 5

阿狸1205

捐助贵宾 (小有名气)

[求助] 分子对接请教 已有2人参与

现在刚学autodock,基本会用了,可是autodock上不能做 蛋白质和受体对接吗?哪个软件既可以做小分子对接又可以做蛋白质大分子的对接呢?
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

阿狸1205

捐助贵宾 (小有名气)

如果不是用同一个软件做的结果是不是不能放在一起比较的?
2楼2015-12-28 16:16:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pymol

捐助贵宾 (正式写手)


【答案】应助回帖

★
阿狸1205: 金币+1, ★有帮助 2016-01-15 09:50:19
autodock一般做大分子与小分子对接,HEX可以进行大分子-大分子对接
3楼2016-01-14 10:54:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ding_xy

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
阿狸1205: 金币+2, ★★★很有帮助 2016-01-15 09:50:26
是不是一个软件得到的结果——也要看你的算法选择:软件一样,算法不一样,肯定就不能平行比较了;软件不一样,算法一样,估计也不好比较
4楼2016-01-14 11:33:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

waltq

木虫 (正式写手)

楼主,我也在学习分子对接,好不容易走到autodock这一步,但是dlg文件又打不开,出现下面的问题,看了半天不知所云。望楼主指点一下。另外,我的系统是32位win7。
IDLE 1.2.2      ==== No Subprocess ====
>>> exception in _buildInputLig
ERROR *********************************************
Traceback (most recent call last):
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\ViewerFramework\VF.py", line 898, in tryto
    result = command( *args, **kw )
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\autoanalyzeCommands.py", line 3852, in doit
    d.readDlg(dlgFile)
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\Docking.py", line 105, in readDlg
    self.ch = ConformationHandler(self.ligMol,
AttributeError: Docking instance has no attribute 'ligMol'
Exception in Tkinter callback
Traceback (most recent call last):
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\lib-tk\Tkinter.py", line 1403, in __call__
    return self.func(*args)
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\autoanalyzeCommands.py", line 5482, in guiCallback
    if hasattr(d.ligMol, 'vina_energy'):
AttributeError: Docking instance has no attribute 'ligMol'
waltq
5楼2016-03-04 17:08:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

雷elly

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by waltq at 2016-03-04 17:08:49
楼主,我也在学习分子对接,好不容易走到autodock这一步,但是dlg文件又打不开,出现下面的问题,看了半天不知所云。望楼主指点一下。另外,我的系统是32位win7。
IDLE 1.2.2      ==== No Subprocess ====
& ...

求指教,也是这一步出了问题,要哭了
6楼2017-12-30 19:56:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 阿狸1205 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[硕博家园] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 WqtG0Aem8Ufl 2026-10-24 3/150 2026-10-25 20:24 by cLOojpOxkX0G
[考研] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 WqtG0Aem8Ufl 2026-10-24 3/150 2026-10-25 20:11 by cLOojpOxkX0G
[硕博家园] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 WqtG0Aem8Ufl 2026-10-24 5/250 2026-10-25 20:07 by cLOojpOxkX0G
[论文投稿] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4 3xN9SualEUPt 2026-10-24 5/250 2026-10-25 20:01 by cLOojpOxkX0G
[博后之家] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 3xN9SualEUPt 2026-10-24 4/200 2026-10-25 14:07 by XiYP04It3Evb
[考博] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 DI1qFHFK0KbE 2026-10-24 4/200 2026-10-25 13:28 by XiYP04It3Evb
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 DI1qFHFK0KbE 2026-10-24 4/200 2026-10-25 13:18 by XiYP04It3Evb
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 7xHjyB3bAiwg 2026-10-24 4/200 2026-10-25 13:15 by XiYP04It3Evb
[博后之家] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 7xHjyB3bAiwg 2026-10-23 9/450 2026-10-25 13:02 by XiYP04It3Evb
[找工作] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 7xHjyB3bAiwg 2026-10-23 8/400 2026-10-25 12:59 by XiYP04It3Evb
[公派出国] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 7xHjyB3bAiwg 2026-10-23 10/500 2026-10-25 12:49 by XiYP04It3Evb
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 7xHjyB3bAiwg 2026-10-23 11/550 2026-10-25 12:45 by XiYP04It3Evb
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 7xHjyB3bAiwg 2026-10-23 4/200 2026-10-25 12:36 by XiYP04It3Evb
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 7xHjyB3bAiwg 2026-10-23 4/200 2026-10-25 12:32 by XiYP04It3Evb
[博后之家] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 7xHjyB3bAiwg 2026-10-24 4/200 2026-10-25 01:22 by XcOYG53d3x4p
[考研] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 7xHjyB3bAiwg 2026-10-23 8/400 2026-10-25 00:15 by XcOYG53d3x4p
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 7xHjyB3bAiwg 2026-10-23 11/550 2026-10-24 23:35 by XcOYG53d3x4p
[公派出国] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 7xHjyB3bAiwg 2026-10-24 3/150 2026-10-24 18:23 by WqtG0Aem8Ufl
[考博] 27秋申博自荐 +4 且听风吟时 2026-10-21 4/200 2026-10-23 13:26 by 大大大肥虫
[考博] 郑州大学申博 +5 stars~ 2026-10-19 8/400 2026-10-22 15:06 by stars~
信息提示
请填处理意见