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FreedoMMM

新虫 (初入文坛)

[求助] 看不懂PFAM怎么办,想下载一个模型,不会搞 已有1人参与

最近开始接触生物信息学分析的东西,想利用黄瓜的全基因组数据库,找出全部的NAC转录因子基因,看到很多文献上都提到第一步是从pfam下载一个隐形马氏模型,头都大了
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金娜儿

新虫 (初入文坛)

2楼2015-12-25 22:49:29
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FreedoMMM

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 金娜儿 at 2015-12-25 22:49:29
有登录号吗

什么是登录号啊
3楼2015-12-25 22:56:13
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金娜儿

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
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3楼: Originally posted by FreedoMMM at 2015-12-25 22:56:13
什么是登录号啊

我从文献里找了相关登录号,登录的pfam

发自小木虫Android客户端
4楼2015-12-27 23:04:15
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FreedoMMM

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 金娜儿 at 2015-12-27 23:04:15
我从文献里找了相关登录号,登录的pfam
...

恩恩  这个找到了,对应的HMM文件也下载了,然后是用hmmer软件比对是吗?请问这个软件怎么用啊,好像涉及到一些编程的东西。。
5楼2015-12-28 12:51:56
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金娜儿

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by FreedoMMM at 2015-12-28 12:51:56
恩恩  这个找到了,对应的HMM文件也下载了,然后是用hmmer软件比对是吗?请问这个软件怎么用啊,好像涉及到一些编程的东西。。...

我不是这么做的,没用hmmer呀!你是想做什么?
6楼2015-12-28 19:52:53
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FreedoMMM

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 金娜儿 at 2015-12-28 19:52:53
我不是这么做的,没用hmmer呀!你是想做什么?...

我本来是想用某个结构域的HMM模型找出全部的含有这个结构域的基因。。不过我现在直接用这个结构域的氨基酸序列比对的
7楼2015-12-29 13:19:11
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金娜儿

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by FreedoMMM at 2015-12-29 13:19:11
我本来是想用某个结构域的HMM模型找出全部的含有这个结构域的基因。。不过我现在直接用这个结构域的氨基酸序列比对的...

我用的全是核酸序列,先把不同的结构域的种子下载下来了

发自小木虫Android客户端
8楼2015-12-29 21:49:08
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911911abc

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by FreedoMMM at 2015-12-28 12:51:56
恩恩  这个找到了,对应的HMM文件也下载了,然后是用hmmer软件比对是吗?请问这个软件怎么用啊,好像涉及到一些编程的东西。。...

你好 我最近也在研究生物信息学方面的东西 想请教你一下 你那个HMM模型是怎么下载的?  还有你所说的登录号是指的某个转录因子的号码 是不是以PF开头的啊
9楼2016-01-02 20:19:52
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FreedoMMM

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
9楼: Originally posted by 911911abc at 2016-01-02 20:19:52
你好 我最近也在研究生物信息学方面的东西 想请教你一下 你那个HMM模型是怎么下载的?  还有你所说的登录号是指的某个转录因子的号码 是不是以PF开头的啊...

我是直接在JUMP TO那个框里输入我的保守结构域的名字NAM然后就进去了
10楼2016-01-04 18:05:56
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