24小时热门版块排行榜    

查看: 2838  |  回复: 13

FreedoMMM

新虫 (初入文坛)

[求助] 看不懂PFAM怎么办,想下载一个模型,不会搞 已有1人参与

最近开始接触生物信息学分析的东西,想利用黄瓜的全基因组数据库,找出全部的NAC转录因子基因,看到很多文献上都提到第一步是从pfam下载一个隐形马氏模型,头都大了
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

金娜儿

新虫 (初入文坛)

2楼2015-12-25 22:49:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

FreedoMMM

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 金娜儿 at 2015-12-25 22:49:29
有登录号吗

什么是登录号啊
3楼2015-12-25 22:56:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

金娜儿

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
引用回帖:
3楼: Originally posted by FreedoMMM at 2015-12-25 22:56:13
什么是登录号啊

我从文献里找了相关登录号,登录的pfam

发自小木虫Android客户端
4楼2015-12-27 23:04:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

FreedoMMM

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 金娜儿 at 2015-12-27 23:04:15
我从文献里找了相关登录号,登录的pfam
...

恩恩  这个找到了,对应的HMM文件也下载了,然后是用hmmer软件比对是吗?请问这个软件怎么用啊,好像涉及到一些编程的东西。。
5楼2015-12-28 12:51:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

金娜儿

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by FreedoMMM at 2015-12-28 12:51:56
恩恩  这个找到了,对应的HMM文件也下载了,然后是用hmmer软件比对是吗?请问这个软件怎么用啊,好像涉及到一些编程的东西。。...

我不是这么做的,没用hmmer呀!你是想做什么?
6楼2015-12-28 19:52:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

FreedoMMM

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 金娜儿 at 2015-12-28 19:52:53
我不是这么做的,没用hmmer呀!你是想做什么?...

我本来是想用某个结构域的HMM模型找出全部的含有这个结构域的基因。。不过我现在直接用这个结构域的氨基酸序列比对的
7楼2015-12-29 13:19:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

金娜儿

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by FreedoMMM at 2015-12-29 13:19:11
我本来是想用某个结构域的HMM模型找出全部的含有这个结构域的基因。。不过我现在直接用这个结构域的氨基酸序列比对的...

我用的全是核酸序列,先把不同的结构域的种子下载下来了

发自小木虫Android客户端
8楼2015-12-29 21:49:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

911911abc

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by FreedoMMM at 2015-12-28 12:51:56
恩恩  这个找到了,对应的HMM文件也下载了,然后是用hmmer软件比对是吗?请问这个软件怎么用啊,好像涉及到一些编程的东西。。...

你好 我最近也在研究生物信息学方面的东西 想请教你一下 你那个HMM模型是怎么下载的?  还有你所说的登录号是指的某个转录因子的号码 是不是以PF开头的啊
9楼2016-01-02 20:19:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

FreedoMMM

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
9楼: Originally posted by 911911abc at 2016-01-02 20:19:52
你好 我最近也在研究生物信息学方面的东西 想请教你一下 你那个HMM模型是怎么下载的?  还有你所说的登录号是指的某个转录因子的号码 是不是以PF开头的啊...

我是直接在JUMP TO那个框里输入我的保守结构域的名字NAM然后就进去了
10楼2016-01-04 18:05:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 FreedoMMM 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 不应该看fileCode +6 且听虎啸 2026-08-12 8/400 2026-08-13 12:07 by 小木虫6752397
[基金申请] FileCode能看出啥? +8 要乐观耀哥 2026-08-10 26/1300 2026-08-13 12:01 by Tide man
[基金申请] 关于Filecode分析方法 +9 majunge000 2026-08-10 11/550 2026-08-13 10:40 by ZH远山
[基金申请] 结合人工智能,周易传统文化,filecode打分制来了,3分以上希望很大。 +3 Tide man 2026-08-12 4/200 2026-08-13 08:35 by ZJTJZ
[基金申请] 应该是93bebmhtak前后十一个字符比较关键 +22 Lanmanbaby 2026-08-09 36/1800 2026-08-12 22:50 by sdfapple719
[基金申请] filecode +13 documentary 2026-08-10 15/750 2026-08-12 15:56 by 云上清扬
[论文投稿] 职称评审,求友友推荐见刊最快的期刊 +4 工厂打螺丝 2026-08-08 4/200 2026-08-12 09:18 by hansi2025
[基金申请] 综述论文作为代表作会不会影响评审专家的印象分? +11 yufeiwaner 2026-08-09 13/650 2026-08-12 08:17 by yufeiwaner
[基金申请] 是这周出结果还是下周出结果? +3 yuleib84 2026-08-11 3/150 2026-08-11 21:53 by jnhyjjm
[基金申请] 有时候,自然基金真的不能太认真 (我的申报经验) +3 majunge000 2026-08-11 4/200 2026-08-11 20:13 by lch2012
[硕博家园] 读博的好处 +3 lnee 2026-08-11 3/150 2026-08-11 18:10 by 希望我好好的
[基金申请] 什么时候出结果,有咨询渠道??? +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
[基金申请] 听说今天filecode变了 +26 布布和一二 2026-08-06 49/2450 2026-08-11 13:18 by WH3796
[基金申请] 确定了,国自然21号放榜 +6 布布和一二 2026-08-10 7/350 2026-08-10 19:15 by 2000zf36392
[基金申请] 静等基金结果 +5 gjjjzhong 2026-08-10 16/800 2026-08-10 17:19 by Tide man
[基金申请] 国自然结果 +4 Vierhys 2026-08-10 8/400 2026-08-10 15:06 by Vierhys
[基金申请] 面上项目filecode邪修 +5 西山十月 2026-08-09 7/350 2026-08-10 07:32 by 仁砚薪传
[基金申请] 关于filecode,很负责任的告诉大家 +6 爱看书的可乐 2026-08-08 7/350 2026-08-08 22:13 by a_niu
[基金申请] 化学口download_prp&fileCode的固定段好像这几天一直没变,有变的大神么? +3 Tide man 2026-08-07 4/200 2026-08-07 22:39 by Tide man
[基金申请] filecode变化情况 +6 布布和一二 2026-08-07 22/1100 2026-08-07 14:45 by 且听虎啸
信息提示
请填处理意见