应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 看不懂PFAM怎么办，想下载一个模型，不会搞
141/2返回列表12下一页
查看: 2803  |  回复: 13
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

FreedoMMM

新虫 (初入文坛)

[求助] 看不懂PFAM怎么办，想下载一个模型，不会搞 已有1人参与

最近开始接触生物信息学分析的东西，想利用黄瓜的全基因组数据库，找出全部的NAC转录因子基因，看到很多文献上都提到第一步是从pfam下载一个隐形马氏模型，头都大了
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2015-12-25 22:42:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

金娜儿

新虫 (初入文坛)
有登录号吗

发自小木虫Android客户端
回复此楼
2楼2015-12-25 22:49:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

FreedoMMM

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 金娜儿 at 2015-12-25 22:49:29
有登录号吗

什么是登录号啊
回复此楼
3楼2015-12-25 22:56:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

金娜儿

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
引用回帖:
3楼: Originally posted by FreedoMMM at 2015-12-25 22:56:13
什么是登录号啊

我从文献里找了相关登录号，登录的pfam

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
4楼2015-12-27 23:04:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

FreedoMMM

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 金娜儿 at 2015-12-27 23:04:15
我从文献里找了相关登录号，登录的pfam
...

恩恩  这个找到了，对应的HMM文件也下载了，然后是用hmmer软件比对是吗？请问这个软件怎么用啊，好像涉及到一些编程的东西。。
赞一下 回复此楼
5楼2015-12-28 12:51:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

金娜儿

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by FreedoMMM at 2015-12-28 12:51:56
恩恩  这个找到了，对应的HMM文件也下载了，然后是用hmmer软件比对是吗？请问这个软件怎么用啊，好像涉及到一些编程的东西。。...

我不是这么做的，没用hmmer呀！你是想做什么？
赞一下 回复此楼
6楼2015-12-28 19:52:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

FreedoMMM

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 金娜儿 at 2015-12-28 19:52:53
我不是这么做的，没用hmmer呀！你是想做什么？...

我本来是想用某个结构域的HMM模型找出全部的含有这个结构域的基因。。不过我现在直接用这个结构域的氨基酸序列比对的
赞一下 回复此楼
7楼2015-12-29 13:19:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

金娜儿

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by FreedoMMM at 2015-12-29 13:19:11
我本来是想用某个结构域的HMM模型找出全部的含有这个结构域的基因。。不过我现在直接用这个结构域的氨基酸序列比对的...

我用的全是核酸序列，先把不同的结构域的种子下载下来了

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
8楼2015-12-29 21:49:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

911911abc

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by FreedoMMM at 2015-12-28 12:51:56
恩恩  这个找到了，对应的HMM文件也下载了，然后是用hmmer软件比对是吗？请问这个软件怎么用啊，好像涉及到一些编程的东西。。...

你好 我最近也在研究生物信息学方面的东西 想请教你一下 你那个HMM模型是怎么下载的？  还有你所说的登录号是指的某个转录因子的号码 是不是以PF开头的啊
赞一下 回复此楼
9楼2016-01-02 20:19:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

FreedoMMM

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 911911abc at 2016-01-02 20:19:52
你好 我最近也在研究生物信息学方面的东西 想请教你一下 你那个HMM模型是怎么下载的？  还有你所说的登录号是指的某个转录因子的号码 是不是以PF开头的啊...

我是直接在JUMP TO那个框里输入我的保守结构域的名字NAM然后就进去了
赞一下 回复此楼
10楼2016-01-04 18:05:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 FreedoMMM 的主题更新
141/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭