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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 看不懂PFAM怎么办，想下载一个模型，不会搞
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FreedoMMM

新虫 (初入文坛)

[求助] 看不懂PFAM怎么办，想下载一个模型，不会搞 已有1人参与

最近开始接触生物信息学分析的东西，想利用黄瓜的全基因组数据库，找出全部的NAC转录因子基因，看到很多文献上都提到第一步是从pfam下载一个隐形马氏模型，头都大了
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1楼 2015-12-25 22:42:34
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金娜儿

新虫 (初入文坛)
有登录号吗

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2楼2015-12-25 22:49:29
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FreedoMMM

新虫 (初入文坛)
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2楼: Originally posted by 金娜儿 at 2015-12-25 22:49:29
有登录号吗

什么是登录号啊
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3楼2015-12-25 22:56:13
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金娜儿

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
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3楼: Originally posted by FreedoMMM at 2015-12-25 22:56:13
什么是登录号啊

我从文献里找了相关登录号，登录的pfam

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4楼2015-12-27 23:04:15
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FreedoMMM

新虫 (初入文坛)
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4楼: Originally posted by 金娜儿 at 2015-12-27 23:04:15
我从文献里找了相关登录号，登录的pfam
...

恩恩  这个找到了，对应的HMM文件也下载了，然后是用hmmer软件比对是吗？请问这个软件怎么用啊，好像涉及到一些编程的东西。。
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5楼2015-12-28 12:51:56
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金娜儿

新虫 (初入文坛)
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5楼: Originally posted by FreedoMMM at 2015-12-28 12:51:56
恩恩  这个找到了，对应的HMM文件也下载了，然后是用hmmer软件比对是吗？请问这个软件怎么用啊，好像涉及到一些编程的东西。。...

我不是这么做的，没用hmmer呀！你是想做什么？
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6楼2015-12-28 19:52:53
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FreedoMMM

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6楼: Originally posted by 金娜儿 at 2015-12-28 19:52:53
我不是这么做的，没用hmmer呀！你是想做什么？...

我本来是想用某个结构域的HMM模型找出全部的含有这个结构域的基因。。不过我现在直接用这个结构域的氨基酸序列比对的
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7楼2015-12-29 13:19:11
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金娜儿

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by FreedoMMM at 2015-12-29 13:19:11
我本来是想用某个结构域的HMM模型找出全部的含有这个结构域的基因。。不过我现在直接用这个结构域的氨基酸序列比对的...

我用的全是核酸序列，先把不同的结构域的种子下载下来了

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8楼2015-12-29 21:49:08
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911911abc

新虫 (初入文坛)
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5楼: Originally posted by FreedoMMM at 2015-12-28 12:51:56
恩恩  这个找到了，对应的HMM文件也下载了，然后是用hmmer软件比对是吗？请问这个软件怎么用啊，好像涉及到一些编程的东西。。...

你好 我最近也在研究生物信息学方面的东西 想请教你一下 你那个HMM模型是怎么下载的？  还有你所说的登录号是指的某个转录因子的号码 是不是以PF开头的啊
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9楼2016-01-02 20:19:52
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FreedoMMM

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9楼: Originally posted by 911911abc at 2016-01-02 20:19:52
你好 我最近也在研究生物信息学方面的东西 想请教你一下 你那个HMM模型是怎么下载的？  还有你所说的登录号是指的某个转录因子的号码 是不是以PF开头的啊...

我是直接在JUMP TO那个框里输入我的保守结构域的名字NAM然后就进去了
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10楼2016-01-04 18:05:56
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