应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 任务越大，高斯并行效率越好（任务实测结果）
101/1返回列表
查看: 3726  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

PTT

木虫 (小有名气)

[交流] 任务越大，高斯并行效率越好（任务实测结果） 已有6人参与

测试了两个任务，一个小任务和一个较大的任务。结果显示小任务的并行效率很差，而大任务的并行效率非常好。当任务较小时，本来计算量就很小，还要分配给很多核去计算，核之间的数据交换和进行协调的时间变长，可能出现“核浮于事”的情况，造成并行效率很差。但如果计算量很大，核心根本不够用，每个核都拼命地工作还是算不完的话，核的并行效果就非常好了。
    说一下测试的机器，是学校的超算中心，每个节点2个CPU，共20核心，具体CPU型号不知道，听说是E5的工作站专用核心吧，64G内存。软件为Gaussian09 D0.1版，linux系统。
    因此，如果任务小的话，就2核，4 核，8核并行，如果任务大的话，就8核，12核，16核，20核一起并行计算，效果会很好。当然这个只是在学校的超算电脑上的测试结果，对于其他型号的机器不知道能否通用，仅作为一个参考吧。
    测试实例如下所示：
    一个较小的任务，34个原子（含C,H元素）的分子B3LYP/6-31+G(D,P)水平下优化，basis function 478, 12步优化结束，%mem=1000MW，CPU time: 200分钟，用不同核心来并行，结果如下：
1核CPU time:204分钟，实际用时204分钟
2核CPU time:213分钟，实际用时107分钟
4核CPU time:229分钟，实际用时57分钟
6核CPU time:236分钟，实际用时40分钟
8核CPU time:241分钟，实际用时27分钟
12核CPU time:269分钟，实际用时23分钟
16核CPU time:433分钟，实际用时30分钟
20核CPU time:541分钟，实际用时47分钟

    一个较大的Gaussian的任务，140个原子（含C,H,O,N元素）的分子B3LYP/6-31+G(D,P)水平下优化，basis function 1848，16步优化结束，CPU time14天以上（336小时以上）。%mem=1000MW，分别用不同的核去计算：
4核心，CPU time：351小时，实际用时88小时（88*4=352小时）
8核心，CPU time：342小时，实际用时43小时（43*8=344小时）
12核心，CPU time：336小时，实际用时28.5小时（28.5*12=342小时）
16核心，CPU time：342小时，实际用时21.5小时（21.5*16=344小时）
20核心，CPU time：350小时，实际用时18.7小时（18.7*20=374小时）
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2015-12-22 04:55:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小范范1989
2楼2015-12-22 08:05:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sandf

木虫 (正式写手)
杀鸡用不了牛刀
回复此楼
努力呀努力，不要成为奴隶。
3楼2015-12-22 17:42:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fmying

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
这个正常。并行任务的启动/结束本身就需要消耗资源，并且并行度越大消耗越大。
如果并行部分的任务足够大，节省的时间相对于多消耗的那一点来说就微不足道了。反过来那就不理想了。
就好像复制文件的时候，同样1GB的文件，一个大文件的传输效率要好于一堆零碎小文件的效率一样。
赞一下 回复此楼
上善若水
4楼2015-12-23 10:53:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

biloba

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
谢谢分享。请问楼主该软件的下载地址。
赞一下 回复此楼
5楼2015-12-23 11:52:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

PTT

木虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by biloba at 2015-12-23 11:52:23
谢谢分享。请问楼主该软件的下载地址。

软件系统是学校超算电脑上安装好的，我们直接登录使用。

发自小木虫IOS客户端
赞一下 回复此楼
6楼2015-12-23 12:10:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

三方石墨

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
支持！顺便说下你们学校cpu该换代了～

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
7楼2015-12-23 12:43:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

矛盾场面

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
如果多加节点会不会更好一些？
赞一下 回复此楼
8楼2015-12-23 13:12:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

PTT

木虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 矛盾场面 at 2015-12-23 13:12:04
如果多加节点会不会更好一些？

不好意思，我最多用一个node的20个核并行一个任务。没用过比如2个node的40核算一个任务的情况。据说node和node之间数据交换要慢一些。估计用2个node分别算2个任务，要比用2个node共同算一个任务再算一个任务要快。

发自小木虫IOS客户端
赞一下 回复此楼
9楼2015-12-23 14:24:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fmying

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
8楼: Originally posted by 矛盾场面 at 2015-12-23 13:12:04
如果多加节点会不会更好一些？

一般不会。
一则跨节点并行涉及网络传输/同步计算数据，这个效率一般都比不上节点内共享数据形式的并行的。
二则，Gaussian的跨节点并行是出了名的差。
赞一下 回复此楼
上善若水
10楼2015-12-23 21:21:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 PTT 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 7lpolszZVXgi 2026-08-14 4/200 2026-08-15 01:08 by 4wMiSEwB6436
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 HFw0lei2R37i 2026-08-14 7/350 2026-08-15 00:40 by 4wMiSEwB6436
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 HFw0lei2R37i 2026-08-14 5/250 2026-08-14 22:32 by 4wMiSEwB6436
[基金申请] 欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律 +23 医学老男孩 2026-08-13 49/2450 2026-08-14 20:02 by zhaifei
[基金申请] 哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜？ +5 Ldrop2023 2026-08-13 5/250 2026-08-14 18:48 by ssxclkj
[基金申请] 奇怪，两个人的filecode固定段从头到尾一模一样 +8 布布和一二 2026-08-10 11/550 2026-08-14 14:58 by Equinoxhua
[基金申请] 应该是93bebmhtak前后十一个字符比较关键 +23 Lanmanbaby 2026-08-09 37/1850 2026-08-14 13:40 by Equinoxhua
[硕博家园] 请教兼职经验 +3 是阿文鸭 2026-08-09 3/150 2026-08-14 12:07 by HER12025
[基金申请] filecode +15 documentary 2026-08-10 17/850 2026-08-14 10:08 by kissu88
[基金申请] 我的国基提前知道中了，可是同事的操作让我实在接受不了，怎么会有这样的人 +10 家与远方 2026-08-10 15/750 2026-08-14 02:08 by 绵羊哥哥
[基金申请] 关于Filecode分析方法 +9 majunge000 2026-08-10 12/600 2026-08-13 23:20 by iwuli
[硕博家园] 一作与独作在应聘高校教师时区别大吗 +3 mbygzh 2026-08-08 4/200 2026-08-13 19:31 by 龙-樱
[基金申请] 静等基金结果 +8 gjjjzhong 2026-08-10 21/1050 2026-08-13 17:56 by 且听虎啸
[基金申请] 重要来源：本周末出结果 +10 瞬息宇宙 2026-08-12 10/500 2026-08-13 15:46 by likettle
[基金申请] 不应该看fileCode +7 且听虎啸 2026-08-12 9/450 2026-08-13 14:27 by flydreamws
[基金申请] Filecode 又变了，巨变 +3 WH3796 2026-08-12 4/200 2026-08-13 14:13 by 小木虫6752397
[基金申请] 结合人工智能，周易传统文化，filecode打分制来了，3分以上希望很大。 +3 Tide man 2026-08-12 4/200 2026-08-13 08:35 by ZJTJZ
[基金申请] 2019年青年基金涵评意见，大家看看几个A，几个B? +11 Tide man 2026-08-11 11/550 2026-08-13 07:35 by 撸猫猫
[基金申请] 2026国自然放榜时间 +9 布布和一二 2026-08-08 9/450 2026-08-10 11:22 by xxxx2020
[基金申请] 面上项目filecode邪修 +5 西山十月 2026-08-09 7/350 2026-08-10 07:32 by 仁砚薪传
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭