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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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木虫 (小有名气)

[交流] 任务越大,高斯并行效率越好(任务实测结果) 已有6人参与

测试了两个任务,一个小任务和一个较大的任务。结果显示小任务的并行效率很差,而大任务的并行效率非常好。当任务较小时,本来计算量就很小,还要分配给很多核去计算,核之间的数据交换和进行协调的时间变长,可能出现“核浮于事”的情况,造成并行效率很差。但如果计算量很大,核心根本不够用,每个核都拼命地工作还是算不完的话,核的并行效果就非常好了。
    说一下测试的机器,是学校的超算中心,每个节点2个CPU,共20核心,具体CPU型号不知道,听说是E5的工作站专用核心吧,64G内存。软件为Gaussian09 D0.1版,linux系统。
    因此,如果任务小的话,就2核,4 核,8核并行,如果任务大的话,就8核,12核,16核,20核一起并行计算,效果会很好。当然这个只是在学校的超算电脑上的测试结果,对于其他型号的机器不知道能否通用,仅作为一个参考吧。
    测试实例如下所示:
    一个较小的任务,34个原子(含C,H元素)的分子B3LYP/6-31+G(D,P)水平下优化,basis function 478, 12步优化结束,%mem=1000MW,CPU time: 200分钟,用不同核心来并行,结果如下:
1核CPU time:204分钟,实际用时204分钟
2核CPU time:213分钟,实际用时107分钟
4核CPU time:229分钟,实际用时57分钟
6核CPU time:236分钟,实际用时40分钟
8核CPU time:241分钟,实际用时27分钟
12核CPU time:269分钟,实际用时23分钟
16核CPU time:433分钟,实际用时30分钟
20核CPU time:541分钟,实际用时47分钟

    一个较大的Gaussian的任务,140个原子(含C,H,O,N元素)的分子B3LYP/6-31+G(D,P)水平下优化,basis function 1848,16步优化结束,CPU time14天以上(336小时以上)。%mem=1000MW,分别用不同的核去计算:
4核心,CPU time:351小时,实际用时88小时(88*4=352小时)
8核心,CPU time:342小时,实际用时43小时(43*8=344小时)
12核心,CPU time:336小时,实际用时28.5小时(28.5*12=342小时)
16核心,CPU time:342小时,实际用时21.5小时(21.5*16=344小时)
20核心,CPU time:350小时,实际用时18.7小时(18.7*20=374小时)
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fmying

银虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
这个正常。并行任务的启动/结束本身就需要消耗资源,并且并行度越大消耗越大。
如果并行部分的任务足够大,节省的时间相对于多消耗的那一点来说就微不足道了。反过来那就不理想了。
就好像复制文件的时候,同样1GB的文件,一个大文件的传输效率要好于一堆零碎小文件的效率一样。
上善若水
4楼2015-12-23 10:53:55
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fmying

银虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
8楼: Originally posted by 矛盾场面 at 2015-12-23 13:12:04
如果多加节点会不会更好一些?

一般不会。
一则跨节点并行涉及网络传输/同步计算数据,这个效率一般都比不上节点内共享数据形式的并行的。
二则,Gaussian的跨节点并行是出了名的差。
上善若水
10楼2015-12-23 21:21:43
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