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刘晓龙李宁

银虫 (初入文坛)

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[求助] 如何判断autodock结果的合理性，rmsd值能说明吗

文献中有这样一句话Binding energies were calculated via the Lamarckian genetic algorithm and conformations that constitute each cluster were defined by a root mean square deviation tolerance of 2.0 Å.啥意思，rmsd值说明啥问题

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1楼 2015-12-19 18:15:53

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waltq

木虫 (正式写手)

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楼主，我也在学习分子对接，好不容易走到autodock这一步，但是dlg文件又打不开，出现下面的问题，看了半天不知所云。望楼主指点一下。另外，我的系统是32位win7。
IDLE 1.2.2    ==== No Subprocess ====
>>> exception in _buildInputLig
ERROR *********************************************
Traceback (most recent call last):
File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\ViewerFramework\VF.py", line 898, in tryto
   result = command( *args, **kw )
File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\autoanalyzeCommands.py", line 3852, in doit
   d.readDlg(dlgFile)
File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\Docking.py", line 105, in readDlg
   self.ch = ConformationHandler(self.ligMol,
AttributeError: Docking instance has no attribute 'ligMol'
Exception in Tkinter callback
Traceback (most recent call last):
File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\lib-tk\Tkinter.py", line 1403, in __call__
   return self.func(*args)
File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\autoanalyzeCommands.py", line 5482, in guiCallback
   if hasattr(d.ligMol, 'vina_energy'):
AttributeError: Docking instance has no attribute 'ligMol'