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如何判断autodock结果的合理性，rmsd值能说明吗
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| 文献中有这样一句话Binding energies were calculated via the Lamarckian genetic algorithm and conformations that constitute each cluster were defined by a root mean square deviation tolerance of 2.0 Å.啥意思，rmsd值说明啥问题 |
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送红花一朵 
3楼2015-12-20 12:15:59
SXL_XMC
银虫 (正式写手)
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- 散金: 443
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- 专业: 天然药物化学
2楼2015-12-19 22:33:38
waltq
木虫 (正式写手)
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- 帖子: 756
- 在线: 607小时
- 虫号: 47915
- 注册: 2004-06-12
- 性别: GG
- 专业: 发育生物学与生殖生物学
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楼主，我也在学习分子对接，好不容易走到autodock这一步，但是dlg文件又打不开，出现下面的问题，看了半天不知所云。望楼主指点一下。另外，我的系统是32位win7。 IDLE 1.2.2 ==== No Subprocess ==== >>> exception in _buildInputLig ERROR ********************************************* Traceback (most recent call last): File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\ViewerFramework\VF.py", line 898, in tryto result = command( *args, **kw ) File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\autoanalyzeCommands.py", line 3852, in doit d.readDlg(dlgFile) File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\Docking.py", line 105, in readDlg self.ch = ConformationHandler(self.ligMol, AttributeError: Docking instance has no attribute 'ligMol' Exception in Tkinter callback Traceback (most recent call last): File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\lib-tk\Tkinter.py", line 1403, in __call__ return self.func(*args) File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\autoanalyzeCommands.py", line 5482, in guiCallback if hasattr(d.ligMol, 'vina_energy'): AttributeError: Docking instance has no attribute 'ligMol' |
4楼2016-03-04 17:11:08
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