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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 核酸提取 » 小鼠粪便基因组提取问题
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xiaoping1986

银虫 (著名写手)

[求助] 小鼠粪便基因组提取问题 已有1人参与

我用天根的粪便提取试剂盒提取小鼠粪便的基因组DNA，提取后测定了OD260/OD280比值为2.1，电泳结果如下图（第二泳道为提取的基因组DNA）。查阅网上资料后，说如果比值大于2，说明有RNA污染。第一次做，请有经验的人帮忙看看电泳图，是不是有RNA污染。如果有的话，应该怎么解决，后续如果做定量PCR，是否可以，对结果是否有影响？

小鼠粪便基因组提取问题
20151216_161101.jpg
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1楼 2015-12-17 18:05:39
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bhl2012

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰，手有余香，分子生物期待您更多精彩。 2015-12-18 12:36:00
有两种可能 一是你电泳跑太久 RNA跑没了 二是RNA降解成小片段了 OD能测出来 但是电泳图看不出来了。 你现在这个图看不出来

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2楼2015-12-18 09:36:34
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崔士元

金虫 (正式写手)
推荐用OMEGA试剂盒，你这个是不是要做微生物组成分析？

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男人，就要对自己狠一点！
3楼2015-12-23 10:53:02
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反应链

新虫 (正式写手)
The resulting DNA is highly contaminated with high level of secondary mateials, such as high levels of polysaccharides, polyphenols and other unknown sticky compounds that bind or co-precipitate with DNA and form a viscous complex. It is not possible to laod such DNA samples into the electrophoresis well.

You could try the 3% CTAB DNA extracion protocol, modified from Zeng et al. 2002, ACta Botanica Sinica 44; 694-697.

1. washing out polysaccharides with CTAB-free buffer from homogenate.
2. increasing the percentage of CTAB in extraction medium.
3. using high concentration salts pior to DNA precipitation with isopanol.
小鼠粪便基因组提取问题-1
3% CTAB DNA Extraction Protocol.jpg
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  • 附件 1 : 3%_CTAB_DNA_Extraction_Protocol.pdf
    • 2016-01-05 22:59:38, 50.16 K
4楼2016-01-05 22:59:54
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