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mgfudan

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
leekacle: 金币+10, 这是什么东东啊？ 2015-12-12 19:34:30

The PredictProtein server也许是进行蛋白质结构分析中最复杂的站点了，然而由Columbia University维护的原始网站非常繁忙，对你提交的预测工作的响应时间可能超过一两天。好在PredictProtein server在世界各地有很多镜像站点，包括欧洲、美国、亚洲以及澳大利亚。下面是一些PredictProtein server的网址：
Europe:

www.embl-heidelberg.de/predicprotein/
www.cmbi.kun.nl/bioinf/predictprotein/
USA:

cubic.bioc.columbia.edu/predictprotein/
www.sdsc.edu/predictprotein/ .

你可以用一条序列试一下哪一个服务器比较适用。一般说来，PredicProtein的缺省分析包括了如下的内容：

* A secondary structure prediction on the three conformational states

(H=Helical, E=extended, and C=Random coil)

* A prediction of the solvent accessibility of the various residues

* A prediction of transmembrane helices and their topology

* A prediction of globular regions in your protein

* A prediction of the coiled/coil regions of your protein

*

A description of the PROSITE motifs matching your sequence (for more on PROSITE mitifs)

* A description of the putative domain structure for your sequence (Prodom domain)

* A prediction of bound cysteines (disulphide bonds) in your sequence

* A description of the composition-biased regions in your sequence

注意：上述各种特性是否能在返回给你的结果中显示依赖于你的查询序列中是否含有它们。



www.cmbi.kun.nl/bioinf/predictprotein/

USA:

cubic.bioc.columbia.edu/predictprotein/

www.sdsc.edu/predictprotei