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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » 【求助】 想把分子放进晶格。。。
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changjiang77

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】 想把分子放进晶格。。。

各位高人，大侠，过客，我在做MS分子晶体的模拟。想把一些现成的分子试着组成不同的晶体结构。比如对苯二甲酸，我把它的分子画好，现在想直观的放在不同的晶格中。不知有什么好办法能很方便的放进去，而不用一个一个原子的输入位置参数。还能方便的手动改变分子空间取向而不需要再次重新建立晶格。
  万分感谢。

[ Last edited by freshgirl on 2009-6-25 at 19:30 ]
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1楼 2008-09-21 12:44:25
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zhangfq7112

银虫 (正式写手)
★
jghe(金币+1,VIP+0):谢谢参与讨论，欢迎常来计算版！
直接paste, 再用鼠标调节, 要注意晶体的对称性
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2楼2008-09-21 16:32:39
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changjiang77

金虫 (正式写手)

楼上大侠能说的清楚些吗?

先谢谢2楼,果然自有高人在.
我先建了一个立方晶格, 然后把分子贴进去了。但是不知为什么，分子和晶格不能相对位置调整。本人仍属菜鸟级，还请高人指点。

[ Last edited by changjiang77 on 2008-9-21 at 23:22 ]
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3楼2008-09-21 23:07:58
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jieweiwei

铜虫 (小有名气)
好像这样粘贴进去，它是一个整体你当然不能随便的调整了。具体怎么做想必要得到精确的位置坐标才可以
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4楼2008-09-22 08:52:15
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changjiang77

金虫 (正式写手)

问题是

问题就是能不能随心所欲的调整分子在晶格中的位置取向，如果还需要输入精确的位置坐标那就很麻烦了。
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5楼2008-09-22 09:10:42
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wll-violet

铜虫 (小有名气)
★
gromacs(金币+1,VIP+0):谢谢指点
把分子粘贴进晶格以后，选中分子，按shift+Alt+右键，可以移动分子而不移动晶格；只按shift+右键，可以旋转分子。试试吧，我这样都可以，希望对你有帮助，
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6楼2008-09-23 08:16:03
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solarman

新虫 (正式写手)
★
gromacs(金币+1,VIP+0):谢谢指点
引用回帖:
Originally posted by changjiang77 at 2008-9-21 23:07:
先谢谢2楼,果然自有高人在.
我先建了一个立方晶格, 然后把分子贴进去了。但是不知为什么，分子和晶格不能相对位置调整。本人仍属菜鸟级，还请高人指点。

[ Last edited by changjiang77 on 2008-9-21 at 23: ...

把分子贴进去之前，你可以先改动晶格的原点位置，相当于进行了相对位置调整
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7楼2008-09-23 08:27:00
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wobuzhidao1

金虫 (小有名气)
根据我做分子晶体的经验,目前针对分子晶体好像主要采用的是画分子结构，而后paste进去的，但是面临着两个问题：1、晶胞中间好像自动给出了应该有几个的分子，比如空间对称性问题，你放置一个分子自动对称的给出了几个，到底对不对？2、楼主反映的位置问题，你手动调整能够保证原子位置都在应该的位置上吗？所以说，分子晶体构建完后，你的可靠性值得斟酌。离子晶体当然不存在这个问题，就不说了。
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8楼2008-09-28 12:06:17
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