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xuehu2008

铜虫 (正式写手)

[交流] 求教高手关于RT-PCR

我最近克隆一个人源的蛋白,我以前没有做过真核的分子克隆,所以感觉没有头绪,现在求教高手以下几个问题:

1.是先用oligo(dT)作随机引物从总的RNA 上扩增出总的cDNA后再以此为模板设计目的基因引物扩增目的片断呢还是直接从总RNA上扩增目的cDNA 好一些?
2.针对目的基因的特异性引物应该怎样设计?
3.有没有试剂盒可以完成一部法的RT-PCR?如果有,哪一家公司的性价比高一些?
4.关于总RNA的提取,网上说的Trizol法是手提呢还是试剂盒操作?
5.我看论坛上有人说所用试剂盒是合成第一链cDNA用的,有没有可以合成双链的?

初次做这个,问题比较笨,还望大侠们不吝赐教。
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)

★ ★
司马诸葛(金币+2,VIP+0):谢谢交流 7-14 15:40
1、前者属于两步法,比较灵活,反转录出来的cDNA可以用于扩增许多基因的cDNA,我一般用第一种
2、如果你无法保证提RNA的时候不含gDNA的污染,那么就跨内含子设计引物,这样就不会出现杂带。内含子外显子的信息可以去ensembl数据库查
3、很多啦~我常用Fermantas的。invitrogen的也不错
4、手提。其实不难
5、为什么要合成双链呢?第一链就够了,P出来是一样的。当然你要合成第二链也行,Fermantas的试剂盒可以做到。
2楼2008-09-21 14:06:51
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seahow

木虫 (著名写手)

★ ★
司马诸葛(金币+2,VIP+0):谢谢交流 7-14 15:40
1 都一样.但建议先用oligo或随机引物,然后再目的.这样RT product还可以干别的用;或者一旦目的片段引物设计不佳 还有更改的余地.
2 引物设计很多方法.不过重要的是你要理解目的基因的结构,那里是起始密码子,终止密码子;以及所用载体的结构, 牢记:读码框一定对好,呵呵!
3 同意楼上的,另外promega也行.
4 Trizol是一个专利产品, 做了优化,使提取更简单. 谈不上手提还是kit, trizol本身就是kit,
5 RT就是第一条联,. 你多目的片段来自PCR,模板是RT product.

gooood lucky!!希望对你有帮助.呵呵
3楼2008-09-21 14:42:43
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)

对喔,是要克隆基因
那么设计引物只能非常小心地把ORF克隆出来~~~
4楼2008-09-21 15:25:04
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xuehu2008

铜虫 (正式写手)

非常感谢 三磷酸腺苷和 seahow 的热心解答。受益匪浅!
有一点不明白:我的目标基因的转录本已经找到(ensembl),起始密码子和终止密码子也已经确定,但为什么三磷酸腺苷兄说要跨内含子设计引物呢?我理解的是对于ORF来说,上下游引物本来就是跨内含子的阿,不知理解错了没有?亟望指教。
还有一个问题,我发现ORF的序列的N端和原基因的序列竟然有39个碱基对不上,而这些碱基都参与编码核苷酸,且出现在转录本中。亟望指教。
附:我查到的原基因是1400bo,转录本是九百多bp,而其中编码蛋白的只有500bp,为什么?
5楼2008-09-21 22:16:24
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xuehu2008

铜虫 (正式写手)

上面的留言中倒数第三行为“编码氨基酸”
6楼2008-09-21 22:17:59
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xuehu2008

铜虫 (正式写手)

对了,在http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/bl2seq/wblast2.cgi中,我把那39个碱基分别复制在Sequence1和Sequence2栏中,为什么比对的结果竟然是No significant similarity was found ,为什么呢?
7楼2008-09-21 22:28:42
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)

我所谓的跨内含子设计的引物是针对单条引物的
其实是我没理解好你的问题
普通利用半定量RT-PCR,为了提高特异性,避免基因组DNA的污染,可以跨内含子设计引物,因为基因组DNA就含有内含子序列,所以引物就结合不上去了
8楼2008-09-21 23:17:59
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xuehu2008

铜虫 (正式写手)

呵呵,谢谢三磷酸腺苷。
9楼2008-09-22 00:15:56
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