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星星chanyeol

新虫 (初入文坛)

[求助] 获取基因序列 已有1人参与

各位师兄师姐们，请问大家：我有个基因的ID，但是在NCBI和Genbank上都没有搜到，是因为还没有注册吗？
还有怎样获得一种酶的基因序列呢？本身实在菜鸟级别 望相助.谢谢各位啦
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1楼 2015-12-07 17:39:51
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
有ID号查不到序列有可能是作者在提交序列时选择了延迟释放数据。如果只有酶的名称，那就直接在NCBI上用酶的名称去检索，如果有酶的蛋白质序列，那就用蛋白质序列去做tblastn搜索。
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

星星chanyeol
2楼2015-12-08 01:25:53
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星星chanyeol

新虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by stone2239 at 2015-12-08 01:25:53
有ID号查不到序列有可能是作者在提交序列时选择了延迟释放数据。如果只有酶的名称，那就直接在NCBI上用酶的名称去检索，如果有酶的蛋白质序列，那就用蛋白质序列去做tblastn搜索。

用名称去检索 会出现许多其他植物的这种酶序列 太多了然后就不知道怎么办了
获取基因序列



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3楼2015-12-08 15:59:42
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 星星chanyeol at 2015-12-08 15:59:42
用名称去检索 会出现许多其他植物的这种酶序列 太多了然后就不知道怎么办了

...

你是什么物种呢？限定下物种范围检索就可以了。
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4楼2015-12-09 00:10:44
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星星chanyeol

新虫 (初入文坛)
是桃子 限定了之后也没找到这类蛋白的序列 不知道什么原因

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5楼2015-12-09 00:20:22
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星星chanyeol

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by stone2239 at 2015-12-09 00:10:44
你是什么物种呢？限定下物种范围检索就可以了。...

是桃子 限定了之后也没找到这类蛋白的序列 不知道什么原因

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6楼2015-12-09 00:21:25
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by 星星chanyeol at 2015-12-09 00:21:25
是桃子 限定了之后也没找到这类蛋白的序列 不知道什么原因
...

桃也有的，你可以看下EMJ28312、EMJ27631、EMJ26906等序列，这些是自动注释的结果，这些序列中都有invertase inhibitor的结构域。另外你也可以用其他植物比如拟南芥的该蛋白序列在桃的库中做blastp，这样通过相似性搜索应该也能找到。
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7楼2015-12-10 00:01:33
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星星chanyeol

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by stone2239 at 2015-12-10 00:01:33
桃也有的，你可以看下EMJ28312、EMJ27631、EMJ26906等序列，这些是自动注释的结果，这些序列中都有invertase inhibitor的结构域。另外你也可以用其他植物比如拟南芥的该蛋白序列在桃的库中做blastp，这样通过相似性 ...

谢谢了啊。

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8楼2015-12-31 08:31:23
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