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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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bingdong05

银虫 (正式写手)

[交流] 求助:southern blotting 探针问题

最近打算做southern杂交来验证目的基因是否已经成功整合到染色体上(PCR做了N次,没有结果),但不知道探针怎么设计?一般探针需要多长为好?
目的基因的一部分就好还是全部?
     先谢谢各位了哈!
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logan2929

铜虫 (小有名气)


司马诸葛(金币+1,VIP+0):谢谢交流 7-14 15:39
pcr没结果还怎么做,探针长度限制不是很严格,长了特异性高,但操作不方便,你做的事同位素还是地高辛?灵敏度不一样的
4楼2008-09-22 00:14:57
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boouy

银虫 (正式写手)

PCR没结果,Southern将更困难。一般300-500bp即可,我用的最小探针是120bp,没有问题。
2楼2008-09-20 13:57:24
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snzydong

铁杆木虫 (著名写手)


司马诸葛(金币+1,VIP+0):谢谢交流 7-14 15:39
探针一般可以是全长基因 也可以是基因的一部分 大小500足够了 但是如果你的基因有同源基因 你应该避开同源的部分 在其他位置设计探针 例如5‘-UTR 或是3‘——UTR
3楼2008-09-20 14:15:12
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guohuayin

木虫 (著名写手)

博士,副教授


司马诸葛(金币+1,VIP+0):谢谢交流 7-14 15:38
我用过400bp和900bp左右的探针,用的地高辛杂交试剂盒,做的点杂交,效果还可以。我觉得如果你PCR都不出结果的话,很有可能是你没有整合上的。先PCR有结果再做杂交吧。
内生菌资源和核酸分子的利用
5楼2008-09-22 07:00:26
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