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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 求助：southern blotting 探针问题
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bingdong05

银虫 (正式写手)

[交流] 求助：southern blotting 探针问题

最近打算做southern杂交来验证目的基因是否已经成功整合到染色体上（PCR做了N次，没有结果），但不知道探针怎么设计？一般探针需要多长为好？
目的基因的一部分就好还是全部？
     先谢谢各位了哈！
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1楼 2008-09-20 11:30:59
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boouy

银虫 (正式写手)
PCR没结果，Southern将更困难。一般300－500bp即可，我用的最小探针是120bp，没有问题。
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2楼2008-09-20 13:57:24
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snzydong

铁杆木虫 (著名写手)
★
司马诸葛(金币+1,VIP+0):谢谢交流 7-14 15:39
探针一般可以是全长基因 也可以是基因的一部分 大小500足够了 但是如果你的基因有同源基因 你应该避开同源的部分 在其他位置设计探针 例如5‘-UTR 或是3‘——UTR
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3楼2008-09-20 14:15:12
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logan2929

铜虫 (小有名气)

的

★
司马诸葛(金币+1,VIP+0):谢谢交流 7-14 15:39
pcr没结果还怎么做，探针长度限制不是很严格，长了特异性高，但操作不方便，你做的事同位素还是地高辛？灵敏度不一样的
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4楼2008-09-22 00:14:57
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guohuayin

木虫 (著名写手)

博士，副教授
★
司马诸葛(金币+1,VIP+0):谢谢交流 7-14 15:38
我用过400bp和900bp左右的探针，用的地高辛杂交试剂盒，做的点杂交，效果还可以。我觉得如果你PCR都不出结果的话，很有可能是你没有整合上的。先PCR有结果再做杂交吧。
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内生菌资源和核酸分子的利用
5楼2008-09-22 07:00:26
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