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bingdong05

银虫 (正式写手)

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[交流] 求助：southern blotting 探针问题

最近打算做southern杂交来验证目的基因是否已经成功整合到染色体上（PCR做了N次，没有结果），但不知道探针怎么设计？一般探针需要多长为好？
目的基因的一部分就好还是全部？
先谢谢各位了哈！

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1楼 2008-09-20 11:30:59

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boouy

银虫 (正式写手)

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PCR没结果，Southern将更困难。一般300－500bp即可，我用的最小探针是120bp，没有问题。

2楼2008-09-20 13:57:24

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snzydong

铁杆木虫 (著名写手)

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★
司马诸葛(金币+1,VIP+0):谢谢交流 7-14 15:39

探针一般可以是全长基因也可以是基因的一部分大小500足够了但是如果你的基因有同源基因你应该避开同源的部分在其他位置设计探针例如5‘-UTR 或是3‘——UTR

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3楼2008-09-20 14:15:12

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logan2929

铜虫 (小有名气)

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的

★
司马诸葛(金币+1,VIP+0):谢谢交流 7-14 15:39

pcr没结果还怎么做，探针长度限制不是很严格，长了特异性高，但操作不方便，你做的事同位素还是地高辛？灵敏度不一样的

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4楼2008-09-22 00:14:57

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guohuayin

木虫 (著名写手)

博士，副教授

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★
司马诸葛(金币+1,VIP+0):谢谢交流 7-14 15:38

我用过400bp和900bp左右的探针，用的地高辛杂交试剂盒，做的点杂交，效果还可以。我觉得如果你PCR都不出结果的话，很有可能是你没有整合上的。先PCR有结果再做杂交吧。

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内生菌资源和核酸分子的利用

5楼2008-09-22 07:00:26

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