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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » autodock模拟酪氨酸酶与抑制剂的相互作用
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liujinbing_2007

至尊木虫 (著名写手)

[求助] autodock模拟酪氨酸酶与抑制剂的相互作用 已有3人参与

autodock模拟其他不含金属离子的酶与抑制剂的相互作用可以对接上，但一用酪氨酸酶后就对接不上了，请专家指点迷津，谢谢！
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药物化学

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1楼 2015-12-05 08:46:56
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mgfudan

铁杆木虫 (著名写手)

mgfudan

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
把镁离子删除后，加氢，再对接。
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mgfudan
2楼2015-12-05 08:54:26
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liujinbing_2007

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by mgfudan at 2015-12-05 08:54:26
把镁离子删除后，加氢，再对接。

应该是把铜离子删除？酪氨酸酶中含有铜离子
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3楼2015-12-05 08:58:38
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mgfudan

铁杆木虫 (著名写手)

mgfudan
引用回帖:
3楼: Originally posted by liujinbing_2007 at 2015-12-05 08:58:38
应该是把铜离子删除？酪氨酸酶中含有铜离子...

把多余的金属离子的和其他用于培养晶体的额外的小分子都删除，在做DOCK试一试。
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mgfudan
4楼2015-12-05 09:06:47
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liujinbing_2007

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by mgfudan at 2015-12-05 09:06:47
把多余的金属离子的和其他用于培养晶体的额外的小分子都删除，在做DOCK试一试。...

对接的时候出现如下提示：unknown receptor type "Cu", add parameters for it to the parameter library first!
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5楼2015-12-05 09:18:24
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mgfudan

铁杆木虫 (著名写手)

mgfudan
具体是你对铜离子进行增加电荷吧。把他删除以后再试一试。

发自小木虫Android客户端
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mgfudan
6楼2015-12-05 09:22:37
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liujinbing_2007

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by mgfudan at 2015-12-05 09:22:37
具体是你对铜离子进行增加电荷吧。把他删除以后再试一试。

没有增加电荷，删除了后对结果有没有影响？另外我想用锌离子代替铜离子是否可行？
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7楼2015-12-05 09:32:58
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mgfudan

铁杆木虫 (著名写手)

mgfudan
引用回帖:
7楼: Originally posted by liujinbing_2007 at 2015-12-05 09:32:58
没有增加电荷，删除了后对结果有没有影响？另外我想用锌离子代替铜离子是否可行？...

如果你确定该离子不参与与小分子抑制剂的相互作用，应该对结构没有大的影响，只会简化运算。
可以替代，这个要先重新修理一下你的蛋白。
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mgfudan
8楼2015-12-05 09:42:17
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liujinbing_2007

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by mgfudan at 2015-12-05 09:42:17
如果你确定该离子不参与与小分子抑制剂的相互作用，应该对结构没有大的影响，只会简化运算。
可以替代，这个要先重新修理一下你的蛋白。...

铜离子参与相互作用，因为铜离子是活性中心
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9楼2015-12-05 09:53:19
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白鸿明

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
加电荷了么？
这个操作还是很关键的~

本贴为求助贴，我们鼓励回帖解决问题哦。应助不允许简单的跟帖，请遵守规定
这规矩很让人吐槽啊~
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10楼2015-12-07 14:23:03
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