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sheep916628

新虫 (小有名气)

[求助] 关于高斯计算配合物结构和能量中出现的问题(配位键变成了实键) 已有2人参与

打算用高斯09算一个含铜配合物的结构和能量,图1是计算好的配合物的构型,中间肉色的是Cu原子,图2图3是用到的计算参数,原始结构图如图4所示,发现原先配合物中的配位键变成了实键,还有发生断裂的情况,请问是不是我原始结构图搭错了还是我计算参数出现了问题?谢谢各位,求帮助啊~~~

关于高斯计算配合物结构和能量中出现的问题(配位键变成了实键)


关于高斯计算配合物结构和能量中出现的问题(配位键变成了实键)-1
3.png


关于高斯计算配合物结构和能量中出现的问题(配位键变成了实键)-2
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关于高斯计算配合物结构和能量中出现的问题(配位键变成了实键)-3
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三方石墨

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2015-12-05 15:09:34
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2015-12-05 15:10:06
sheep916628: 金币+5, ★有帮助, 谢谢说明 2015-12-07 14:57:30
没有问题,高斯默认:当键长较短时画做实键,高于一个设定值(常见中心离子配合物一般2埃多点)时,不显示键。
楼主可以回想一下高斯的输入文件,只是定义了各个原子初始位置,有没有键都一样,只是高斯把原子之间力大的画了个键方便你理解罢了。
顺带一说,B3LYP算配合物键长会偏长较多。

发自小木虫Android客户端
6楼2015-12-05 12:26:04
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普通回帖

sheep916628

新虫 (小有名气)

困扰了我快1礼拜了- -求帮助啊,各位
2楼2015-12-04 10:48:42
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sheep916628

新虫 (小有名气)

有人知道吗?
3楼2015-12-04 12:20:00
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sheep916628

新虫 (小有名气)

自己把它顶上去
4楼2015-12-04 14:53:58
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sheep916628

新虫 (小有名气)

自己顶上去
5楼2015-12-04 16:00:31
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474029625

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
sheep916628: 金币+5, ★有帮助, 这个结构是肯定存在的,搭好模型后显示的也是电中性 2015-12-07 15:02:11
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2015-12-12 13:44:28
首先,请确认一下是不是Doublet,还有到底带不带电
其次,请至少使用6-31G(d),里面有Cu,不知道是不是应该用ECP
建议Calculate Force 取 Once,结构能够比较快的收敛。
最后,请务必确认结构的合理性合法性,如果在算一个没有意义的结构,结果是没有意义的。
7楼2015-12-07 10:20:57
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sheep916628

新虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 三方石墨 at 2015-12-05 12:26:04
没有问题,高斯默认:当键长较短时画做实键,高于一个设定值(常见中心离子配合物一般2埃多点)时,不显示键。
楼主可以回想一下高斯的输入文件,只是定义了各个原子初始位置,有没有键都一样,只是高斯把原子之间力 ...

这一般算配合物用什么参数?能否指教一下,谢谢了!
8楼2015-12-07 15:02:51
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望念珊

新虫 (正式写手)

9楼2015-12-07 15:19:42
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三方石墨

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2015-12-12 13:44:34
引用回帖:
8楼: Originally posted by sheep916628 at 2015-12-07 15:02:51
这一般算配合物用什么参数?能否指教一下,谢谢了!...

我建议先用从头算,ccsd mp4,上大基组先试一下同中心离子,同配位原子的简单配合物,比如N就替换成NH3。键长心里大概有数(当然,考虑大基团对它的影响)。然后像TPSS,PW91,P86这类 文献常见的GGA都先上小基组试试,各个参数调一调再上大基组。最好别用Hybrid GGA,混合HF之后挺坑。

发自小木虫Android客户端
10楼2015-12-07 15:23:44
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