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三方石墨

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
sheep916628: 金币+5, 有帮助 2015-12-09 09:19:56
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2015-12-12 13:44:52
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8楼: Originally posted by sheep916628 at 2015-12-07 15:02:51
这一般算配合物用什么参数?能否指教一下,谢谢了!...

不过你这个对称性被破坏好多,如果你觉得他应该或接近C2,可以用edit-pointgroup强制调对称性后,加symm=on关键字。

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11楼2015-12-07 15:27:58
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sheep916628

新虫 (小有名气)

引用回帖:
11楼: Originally posted by 三方石墨 at 2015-12-07 15:27:58
不过你这个对称性被破坏好多,如果你觉得他应该或接近C2,可以用edit-pointgroup强制调对称性后,加symm=on关键字。
...

我是在windows系统下面做的,如何用edit-pointgroup强制调对称性啊?我好像没有找到地方设置?是不是在calculation setup里面嘛?
12楼2015-12-09 09:21:53
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三方石墨

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2015-12-12 13:44:58
引用回帖:
12楼: Originally posted by sheep916628 at 2015-12-09 09:21:53
我是在windows系统下面做的,如何用edit-pointgroup强制调对称性啊?我好像没有找到地方设置?是不是在calculation setup里面嘛?...

gview打开文件,先严格画图,键长键角二面角都调好,右键edit~pointgroup,容忍极限调到最大按一下symm,会自动帮你整理结构。

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13楼2015-12-09 09:24:55
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sheep916628

新虫 (小有名气)

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13楼: Originally posted by 三方石墨 at 2015-12-09 09:24:55
gview打开文件,先严格画图,键长键角二面角都调好,右键edit~pointgroup,容忍极限调到最大按一下symm,会自动帮你整理结构。
...

右键edit~pointgroup后我只有C1能选,而且SYMM是灰色的额- -不能调
关于高斯计算配合物结构和能量中出现的问题(配位键变成了实键)
1234.png

14楼2015-12-09 11:02:07
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三方石墨

银虫 (小有名气)

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14楼: Originally posted by sheep916628 at 2015-12-09 11:02:07
右键edit~pointgroup后我只有C1能选,而且SYMM是灰色的额- -不能调

1234.png
...

图没画好,要仔细调。

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15楼2015-12-09 11:10:09
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sheep916628

新虫 (小有名气)

引用回帖:
15楼: Originally posted by 三方石墨 at 2015-12-09 11:10:09
图没画好,要仔细调。
...

我画图的时候碰到一个问题- -比如几个环之间的相对位置可以移动吗?我只能变方向但是相对位置不能移动
16楼2015-12-09 13:28:53
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三方石墨

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
sheep916628: 金币+10 2015-12-09 14:47:45
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2015-12-12 13:45:06
引用回帖:
16楼: Originally posted by sheep916628 at 2015-12-09 13:28:53
我画图的时候碰到一个问题- -比如几个环之间的相对位置可以移动吗?我只能变方向但是相对位置不能移动...

可以的,调调二面角,实在不行删掉一个环,然后把对称的那个复制过去。

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17楼2015-12-09 14:04:38
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三方石墨

银虫 (小有名气)

引用回帖:
17楼: Originally posted by 三方石墨 at 2015-12-09 14:04:38
可以的,调调二面角,实在不行删掉一个环,然后把对称的那个复制过去。
...

或者输坐标打几个虚原子作定位符再改,方便一点。

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18楼2015-12-09 14:08:10
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sheep916628

新虫 (小有名气)

引用回帖:
18楼: Originally posted by 三方石墨 at 2015-12-09 14:08:10
或者输坐标打几个虚原子作定位符再改,方便一点。
...

二面角在哪里调?以及输入坐标是在哪里啊?我都是直接鼠标左键确定位置,然后就不能移动了...
19楼2015-12-09 14:48:43
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三方石墨

银虫 (小有名气)

引用回帖:
19楼: Originally posted by sheep916628 at 2015-12-09 14:48:43
二面角在哪里调?以及输入坐标是在哪里啊?我都是直接鼠标左键确定位置,然后就不能移动了......

晕……右键build,下面一排modify bond/angle/dihedral

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20楼2015-12-09 14:49:45
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