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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » 其他 » 关于高斯计算配合物结构和能量中出现的问题(配位键变成了实键)
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三方石墨

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
sheep916628: 金币+5, ★有帮助 2015-12-09 09:19:56
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2015-12-12 13:44:52
引用回帖:
8楼: Originally posted by sheep916628 at 2015-12-07 15:02:51
这一般算配合物用什么参数？能否指教一下，谢谢了！...

不过你这个对称性被破坏好多，如果你觉得他应该或接近C2，可以用edit-pointgroup强制调对称性后，加symm=on关键字。

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11楼2015-12-07 15:27:58
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sheep916628

新虫 (小有名气)
引用回帖:
11楼: Originally posted by 三方石墨 at 2015-12-07 15:27:58
不过你这个对称性被破坏好多，如果你觉得他应该或接近C2，可以用edit-pointgroup强制调对称性后，加symm=on关键字。
...

我是在windows系统下面做的，如何用edit-pointgroup强制调对称性啊？我好像没有找到地方设置？是不是在calculation setup里面嘛？
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12楼2015-12-09 09:21:53
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三方石墨

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2015-12-12 13:44:58
引用回帖:
12楼: Originally posted by sheep916628 at 2015-12-09 09:21:53
我是在windows系统下面做的，如何用edit-pointgroup强制调对称性啊？我好像没有找到地方设置？是不是在calculation setup里面嘛？...

gview打开文件，先严格画图，键长键角二面角都调好，右键edit~pointgroup，容忍极限调到最大按一下symm，会自动帮你整理结构。

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13楼2015-12-09 09:24:55
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sheep916628

新虫 (小有名气)
引用回帖:
13楼: Originally posted by 三方石墨 at 2015-12-09 09:24:55
gview打开文件，先严格画图，键长键角二面角都调好，右键edit~pointgroup，容忍极限调到最大按一下symm，会自动帮你整理结构。
...

右键edit~pointgroup后我只有C1能选，而且SYMM是灰色的额- -不能调
关于高斯计算配合物结构和能量中出现的问题(配位键变成了实键)
1234.png
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14楼2015-12-09 11:02:07
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三方石墨

银虫 (小有名气)
引用回帖:
14楼: Originally posted by sheep916628 at 2015-12-09 11:02:07
右键edit~pointgroup后我只有C1能选，而且SYMM是灰色的额- -不能调

1234.png
...

图没画好，要仔细调。

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15楼2015-12-09 11:10:09
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sheep916628

新虫 (小有名气)
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15楼: Originally posted by 三方石墨 at 2015-12-09 11:10:09
图没画好，要仔细调。
...

我画图的时候碰到一个问题- -比如几个环之间的相对位置可以移动吗？我只能变方向但是相对位置不能移动
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16楼2015-12-09 13:28:53
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三方石墨

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
sheep916628: 金币+10 2015-12-09 14:47:45
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2015-12-12 13:45:06
引用回帖:
16楼: Originally posted by sheep916628 at 2015-12-09 13:28:53
我画图的时候碰到一个问题- -比如几个环之间的相对位置可以移动吗？我只能变方向但是相对位置不能移动...

可以的，调调二面角，实在不行删掉一个环，然后把对称的那个复制过去。

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17楼2015-12-09 14:04:38
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三方石墨

银虫 (小有名气)
引用回帖:
17楼: Originally posted by 三方石墨 at 2015-12-09 14:04:38
可以的，调调二面角，实在不行删掉一个环，然后把对称的那个复制过去。
...

或者输坐标打几个虚原子作定位符再改，方便一点。

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18楼2015-12-09 14:08:10
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sheep916628

新虫 (小有名气)
引用回帖:
18楼: Originally posted by 三方石墨 at 2015-12-09 14:08:10
或者输坐标打几个虚原子作定位符再改，方便一点。
...

二面角在哪里调？以及输入坐标是在哪里啊？我都是直接鼠标左键确定位置，然后就不能移动了...
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19楼2015-12-09 14:48:43
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三方石墨

银虫 (小有名气)
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19楼: Originally posted by sheep916628 at 2015-12-09 14:48:43
二面角在哪里调？以及输入坐标是在哪里啊？我都是直接鼠标左键确定位置，然后就不能移动了......

晕……右键build，下面一排modify bond/angle/dihedral

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20楼2015-12-09 14:49:45
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