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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 为什么两个碰撞后能量发散了?
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mathsphy

新虫 (小有名气)

[求助] 为什么两个碰撞后能量发散了? 已有2人参与

大家好,我初学lammps,今天做两个铁原子碰撞时程序提示有原子丢失,所以我就使用了可变时间步长,结果发现它系统的能量不太对,所以想请教一下.
我这个系统就只建了一个5*5*5的晶胞,然后放了三个原子,坐标分别是(0,0,0),(0,3,3),(0,3,0),晶格单位.
第一个原子是用作参考的,第二个原子碰撞第三个原子.系综和设置如下:
fix                                1 all nve
fix                                2 all dt/reset 1 NULL 0.001 0.01
velocity                1 set 1000 0 0
velocity                2 set 0 0 -1000
velocity                3 set 0 0 0

输出的信息如下,其中最右边三列分别代表第1,2,3原子的动能:
Step Dt Time Temp TotEng PotEng KinEng 4 5 6
       0       1e-005            0 1.8351477e+008    47442.293            0    47442.293    23721.146    23721.146            0
      10       1e-005       0.0001 1.8351477e+008    47442.293            0    47442.293    23721.146    23721.146            0
      20       1e-005       0.0002 1.8351477e+008    47442.293            0    47442.293    23721.146    23721.146            0
      30       1e-005       0.0003 1.8351477e+008    47442.293            0    47442.293    23721.146    23721.146            0
      40       1e-005       0.0004 1.8351477e+008    47442.293            0    47442.293    23721.146    23721.146            0
      50       1e-005       0.0005 1.8351477e+008    47442.293            0    47442.293    23721.146    23721.146            0
      60       1e-005       0.0006 1.8351477e+008    47442.293            0    47442.293    23721.146    23721.146            0
      70       1e-005       0.0007 1.8351477e+008    47442.293            0    47442.293    23721.146    23721.146            0
      80       1e-005       0.0008 1.8351477e+008    47442.293            0    47442.293    23721.146    23721.146            0
      90       1e-005       0.0009 1.8351477e+008    47442.293            0    47442.293    23721.146    23721.146            0
     100       1e-005        0.001 1.8351477e+008    47442.293            0    47442.293    23721.146    23721.146            0
     110       1e-005       0.0011 1.8351477e+008    47442.293            0    47442.293    23721.146    23721.146            0
     120       1e-005       0.0012 1.8351477e+008    47442.293 -2.2147594e-005    47442.293    23721.146    23721.146 5.3606842e-015
     130 9.9999999e-006       0.0013 1.8351478e+008    47442.293 -0.00057027847    47442.293    23721.146    23721.147 3.4424435e-012
     140 9.9999994e-006       0.0014 1.8351478e+008    47442.293 -0.002693678    47442.295    23721.146    23721.149 7.6714312e-011
     150 9.9999977e-006       0.0015 1.8351481e+008    47442.293 -0.010243151    47442.303    23721.146    23721.157 1.108068e-009
     160 9.9999835e-006 0.0015999999 1.8351504e+008    47442.293 -0.067726385    47442.361    23721.146    23721.215 4.9021806e-008
     170 9.9998924e-006 0.0016999994 1.8351669e+008    47442.293  -0.49445878    47442.787    23721.146    23721.641 2.5772336e-006
     180 9.9997992e-006 0.0017999979 1.8351836e+008    47442.293  -0.92702466     47443.22    23721.146    23722.074 9.0716298e-006
     190 9.9996775e-006 0.0018999954 1.8352057e+008    47442.293    -1.497937    47443.791    23721.146    23722.645 2.3667644e-005
     200 9.9995503e-006 0.0019999916 1.8352292e+008    47442.293   -2.1048515    47444.398    23721.146    23723.252 4.6713654e-005
     210 9.9994425e-006 0.0020999866 1.8352492e+008    47442.293   -2.6212737    47444.914    23721.146    23723.768 7.2437174e-005
     220 9.9993716e-006 0.0021999806 1.8352627e+008    47442.293   -2.9705227    47445.263    23721.146    23724.117 9.3009162e-005
     230 9.9993898e-006 0.0022999743 1.8352597e+008    47442.293   -2.8944083    47445.188    23721.146    23724.041 8.8322947e-005
     240 9.9997456e-006 0.0023999692 1.8351944e+008    47442.287   -1.2123728      47443.5    23721.146    23722.353 1.5352359e-005
     250       1e-005 0.0024999687 1.8347824e+008    47442.269    9.4212164    47432.847    23721.146      23711.7 0.00094058064
     260       1e-005 0.0025999687 1.8330903e+008     47442.22    53.116248    47389.104    23721.146    23667.928  0.029882795
     270       1e-005 0.0026999687 1.8275428e+008    47442.011    196.32033    47245.691    23721.146    23524.134   0.41077332
     280       1e-005 0.0027999687 1.8045156e+008     47440.57    790.17944     46650.39    23721.146    22922.405    6.8394779
     290 8.1905831e-012 0.0028299688 2.7355272e+020 7.0718929e+016    165.60334 7.0718929e+016    23721.146 3.5359435e+016 3.5359493e+016
     300 8.1905831e-012 0.0028299689 2.7355272e+020 7.0718929e+016    6.8461037 7.0718929e+016    23721.146 3.5359435e+016 3.5359493e+016
     310 8.1905831e-012 0.0028299689 2.7355272e+020 7.0718929e+016   -2.9300923 7.0718929e+016    23721.146 3.5359435e+016 3.5359493e+016
     320 8.1905831e-012  0.002829969 2.7355272e+020 7.0718929e+016    -2.556017 7.0718929e+016    23721.146 3.5359435e+016 3.5359493e+016
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我不明白为啥会发散啊.....请问要怎么解决这个问题?...
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    • 2015-11-28 23:12:36, 71.03 K

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1楼 2015-11-28 23:14:28
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luftf

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
时间步长太大了吧？
或者你把输出步数间隔设置短一点
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2015-11-29 20:18:00
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mathsphy

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by luftf at 2015-11-29 20:18:00
时间步长太大了吧？
或者你把输出步数间隔设置短一点

我是用可变时间步长的,后面它的步长都自动调到1e-11了..
赞一下(2人) 回复此楼
3楼2015-11-30 10:08:57
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feng0603

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

楼主！原子丢失，是不是与边界条件的设置有关啊？如果用f边界，原子出去了就回不来了！
赞一下 回复此楼
4楼2015-12-10 11:02:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mathsphy

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by feng0603 at 2015-12-10 11:02:16
楼主！原子丢失，是不是与边界条件的设置有关啊？如果用f边界，原子出去了就回不来了！

我用的是周期性边界，应该不是晶界的问题吧。。

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5楼2015-12-10 23:39:21
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