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生活0322

新虫 (小有名气)

[求助] 生成氢键列表的lst文件中总是出现下图中的后缀是怎么回事呀??

想通过lst文件后面的氢键列表列出晶体中所有氢键作用的距离和角度,结果lst文件的氢键信息总是出现下面的后缀d(4-H4_d),其他晶体的lst文件都不会有后缀d,我检查了一下是不是我的原子命名错误,发现原子名字命名里没有d,请问哪位高手知道怎么解决么?
Hydrogen bonds with  H..A < r(A) + 2.000 Angstroms  and  <DHA > 110 deg.

D-H           d(D-H)   d(H..A)   <DHA    d(D..A)   A

O4-H4_d        0.820    1.895   168.55    2.703    O7_d [ x-1, y+1, z ]

O5-H5_d        0.820    1.842   175.31    2.660    O2_d [ x+1, y+1, z ]

N1-H1A_d       0.900    2.036   144.41    2.817    O8_d [ -x+2, y+1/2, -z+1 ]

N1-H1B_d       0.900    1.861   168.90    2.750    O7_d [ x, y+1, z ]

O6-H6A_d       0.800    2.171   142.97    2.850    O5_d [ -x+3, y-1/2, -z+2 ]
O6-H6A_d       0.800    2.358   140.19    3.016    O6_d [ -x+3, y-1/2, -z+2 ]

O3-H3_d        0.883    1.805   148.01    2.597    O2_d
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生活0322

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by sunjunshan79 at 2015-11-26 11:54:42
比如第一个吧:代表O4-H4……O7之间的氢建

其实我知道这个表示的就是O4-H4...O7 之间的氢键,只是很奇怪的是为什么就这个晶体文件里会是这样的,而其他的文件不会这样 想知道是不是哪里的参数没有设置好
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4楼2015-11-26 19:51:39
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sunjunshan79

木虫 (正式写手)

2楼2015-11-26 11:49:59
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sunjunshan79

木虫 (正式写手)

比如第一个吧:代表O4-H4……O7之间的氢建

发自小木虫Android客户端
3楼2015-11-26 11:54:42
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