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林之子云

新虫 (初入文坛)

[交流] pcr实际扩出的序列比理论的长。 已有7人参与

鉴定寄生虫的种类,从形态学上我只能确定其是膜壳科的,然后我就在ncbi上搜膜壳科的28s的nucleotide,找到一个膜壳科的700多bp的参考序列,然后设计一对引物,引物扩增的理论长度是429bp,可是我今天跑完胶看到条带应该有600多bp,我的上游引物是:  AGTATGCCGCTCGTCTGTTG  下游: GAAACCACCGTCGGACCTA C  请大神解答为什么p的实际长度比理论长度大呢?下附我的引物图。

pcr实际扩出的序列比理论的长。
备选28s新送.PNG
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林之子云

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by loveming313 at 2015-11-25 11:08:29
可能上下游引物特异性不够,看看你的模板DNA序列,重新设计下引物

找不到具体的模版,只能找亲缘关系近的来作为末班设计引物。

发自小木虫Android客户端
9楼2015-12-01 22:21:18
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soarrow

铁杆木虫 (正式写手)

酱油歪楼党


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
胶回收,然后送去测序看看,,,说不准有发现
2楼2015-11-24 22:51:16
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loveming313

新虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
可能上下游引物特异性不够,看看你的模板DNA序列,重新设计下引物
Find the sunshine in your heart,let it go,you can get past the rainyday
3楼2015-11-25 11:08:29
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张俊亚

木虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
拿你的引物去NCBI进行blast看看有没有600左右的就知道了

发自小木虫Android客户端
4楼2015-11-25 11:12:24
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