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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 求大神帮我分析一段序列是不是cDNA全长
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SonmB

新虫 (初入文坛)

[交流] 求大神帮我分析一段序列是不是cDNA全长 已有3人参与

AAAGATGGCAGCTGCGATTTTGTTATTTTGTTGTGACTGTTTTTTCTTTGAATCATTCAT
TTGTTGGTTAGTTACACGTGTAATGTTGAGGGGTAAAAGATATATGTAGAGGGGAACACG
TCATAGAAAGCAAGGAAATGGAAAATATTTCTTCTTCTCTCTCCGTCTTCTCCTGCAATC
TCTGTTTCTCCAATTAATTTCAATTCTTTTTGCGGGAGTCAGCACTTACTCGAAAAGTGT
AAATCTAGGATATAAACTCTGAGTTGCAGAGTTGTATCATGAAGCGTATATCATAGCAAA
CGAATGCTCCTCAATATTGTCGTAAATCTTCTCATCAATCGACTTGCATATGCAAATTAC
CTTATAGTCAGTACTTGTTGGATCAACTAATCCAAATCCAACATTAAAGGATATGCGTAA
CGTGGAAGACAAGGCTTCCATTTTGGAAGAACTTTATATTCTTTTTTCGCAAGGTTCCAT
AAAGTTATAAGAGTGTTGTTGCATACACAGAATATACCATCATAAGGACCCCAAACGATT
CCAGGTTTCGGCATACAGACATCTTCATACGATATATCTGTTAGTGTTCCGTCAGGGAAA
ACATTTATTATATGGTCTCGTCCACAATCGATAGTAAGATGAGTATTTTCATCATTATAG
TCTTTTAGGTGTTTGGAGATGAAATGAGGACTTTTTATTAAGGCACTCCAAGATTTACAA
ACACACCTCAATCGCATCAAAGATTTTATGGACAGTCTTGATAAAATTTCCATCCACACA
TCCTCGTGCATGACTATGCTGCAAGCATTTTTCGTCGGGGT
这是一段转录组的序列，中间有一段ORF，但是不知道怎样确定3‘和5’UTR是否完整。求大神指导分析方法
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1楼 2015-11-23 10:44:52
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XuanyuanLand

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
第一个不是G，5'-UTR不完整，完毕。

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2楼2015-11-23 10:54:05
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SonmB

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by XuanyuanLand at 2015-11-23 10:54:05
第一个不是G，5'-UTR不完整，完毕。

额，我是想知道怎么分析的，可不可以帮我解释一下。谢谢
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3楼2015-11-23 11:51:17
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XuanyuanLand

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
因为转录本第一个5'的帽子是在第一个G上加的甲基啊，其他我就不知道了

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4楼2015-11-23 11:53:32
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SonmB

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by XuanyuanLand at 2015-11-23 10:54:05
第一个不是G，5'-UTR不完整，完毕。

ACCCCGACGAAAAATGCTTGCAGCATAGTCATGCACGAGGATGTGTGGATGGAAATTTTATCAAGACTGTCCATAAAATCTTTGATGCGATTGAGGTGTGTTTGTAAATCTTGGAGTGCCTTAATAAAAAGTCCTCATTTCATCTCCAAACACCTAAAAGACTATAATGATGAAAATACTCATCTTACTATCGATTGTGGACGAGACCATATAATAAATGTTTTCCCTGACGGAACACTAACAGATATATCGTATGAAGATGTCTGTATGCCGAAACCTGGAATCGTTTGGGGTCCTTATGATGGTATATTCTGTGTATGCAACAACACTCTTATAACTTTATGGAACCTTGCGAAAAAAGAATATAAAGTTCTTCCAAAATGGAAGCCTTGTCTTCCACGTTACGCATATCCTTTAATGTTGGATTTGGATTAGTTGATCCAACAAGTACTGACTATAAGGTAATTTGCATATGCAAGTCGATTGATGAGAAGATTTACGACAATATTGAGGAGCATTCGTTTGCTATGATATACGCTTCATGATACAACTCTGCAACTCAGAGTTTATATCCTAGATTTACACTTTTCGAGTAAGTGCTGACTCCCGCAAAAAGAATTGAAATTAATTGGAGAAACAGAGATTGCAGGAGAAGACGGAGAGAGAAGAAGAAATATTTTCCATTTCCTTGCTTTCTATGACGTGTTCCCCTCTACATATATCTTTTACCCCTCAACATTACACGTGTAACTAACCAACAAATGAATGATTCAAAGAAAAAACAGTCACAACAAAATAACAAAATCGCAGCTGCCATCTTT
这个是5‘到3’的序列
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5楼2015-11-23 11:53:43
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SonmB

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by XuanyuanLand at 2015-11-23 11:53:32
因为转录本第一个5'的帽子是在第一个G上加的甲基啊，其他我就不知道了

那有没有可能G前面的几个序列是多余的？第一个G到ATG是5‘UTR？
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6楼2015-11-23 11:55:39
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XuanyuanLand

银虫 (小有名气)
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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6楼: Originally posted by SonmB at 2015-11-23 11:55:39
那有没有可能G前面的几个序列是多余的？第一个G到ATG是5‘UTR？...

这是转录组测序？真核生物的话，不可能吧？

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7楼2015-11-23 12:01:58
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SonmB

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by XuanyuanLand at 2015-11-23 12:01:58
这是转录组测序？真核生物的话，不可能吧？
...

确实是转录组的数据，不知道哪里不正确，希望能多多指教。实验新手，这些基本的知识还不太懂
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8楼2015-11-23 20:28:27
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XuanyuanLand

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8楼: Originally posted by SonmB at 2015-11-23 20:28:27
确实是转录组的数据，不知道哪里不正确，希望能多多指教。实验新手，这些基本的知识还不太懂...

其实仅从序列很难看出是不是完整，建议还是找找相关EST序列，拼成转录本，再比较

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9楼2015-11-23 21:46:29
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SonmB

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
9楼: Originally posted by XuanyuanLand at 2015-11-23 21:46:29
其实仅从序列很难看出是不是完整，建议还是找找相关EST序列，拼成转录本，再比较
...

多谢指教，很好的建议。如果能找到就不用做RACE了，这样就会省很多事情。
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10楼2015-11-24 10:45:38
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