应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 求大神帮我分析一段序列是不是cDNA全长
121/2返回列表12下一页
查看: 1434  |  回复: 11
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

SonmB

新虫 (初入文坛)

[交流] 求大神帮我分析一段序列是不是cDNA全长 已有3人参与

AAAGATGGCAGCTGCGATTTTGTTATTTTGTTGTGACTGTTTTTTCTTTGAATCATTCAT
TTGTTGGTTAGTTACACGTGTAATGTTGAGGGGTAAAAGATATATGTAGAGGGGAACACG
TCATAGAAAGCAAGGAAATGGAAAATATTTCTTCTTCTCTCTCCGTCTTCTCCTGCAATC
TCTGTTTCTCCAATTAATTTCAATTCTTTTTGCGGGAGTCAGCACTTACTCGAAAAGTGT
AAATCTAGGATATAAACTCTGAGTTGCAGAGTTGTATCATGAAGCGTATATCATAGCAAA
CGAATGCTCCTCAATATTGTCGTAAATCTTCTCATCAATCGACTTGCATATGCAAATTAC
CTTATAGTCAGTACTTGTTGGATCAACTAATCCAAATCCAACATTAAAGGATATGCGTAA
CGTGGAAGACAAGGCTTCCATTTTGGAAGAACTTTATATTCTTTTTTCGCAAGGTTCCAT
AAAGTTATAAGAGTGTTGTTGCATACACAGAATATACCATCATAAGGACCCCAAACGATT
CCAGGTTTCGGCATACAGACATCTTCATACGATATATCTGTTAGTGTTCCGTCAGGGAAA
ACATTTATTATATGGTCTCGTCCACAATCGATAGTAAGATGAGTATTTTCATCATTATAG
TCTTTTAGGTGTTTGGAGATGAAATGAGGACTTTTTATTAAGGCACTCCAAGATTTACAA
ACACACCTCAATCGCATCAAAGATTTTATGGACAGTCTTGATAAAATTTCCATCCACACA
TCCTCGTGCATGACTATGCTGCAAGCATTTTTCGTCGGGGT
这是一段转录组的序列，中间有一段ORF，但是不知道怎样确定3‘和5’UTR是否完整。求大神指导分析方法
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2015-11-23 10:44:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

XuanyuanLand

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
第一个不是G，5'-UTR不完整，完毕。

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
2楼2015-11-23 10:54:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

SonmB

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by XuanyuanLand at 2015-11-23 10:54:05
第一个不是G，5'-UTR不完整，完毕。

额，我是想知道怎么分析的，可不可以帮我解释一下。谢谢
赞一下 回复此楼
3楼2015-11-23 11:51:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

XuanyuanLand

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
因为转录本第一个5'的帽子是在第一个G上加的甲基啊，其他我就不知道了

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
4楼2015-11-23 11:53:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

SonmB

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by XuanyuanLand at 2015-11-23 10:54:05
第一个不是G，5'-UTR不完整，完毕。

ACCCCGACGAAAAATGCTTGCAGCATAGTCATGCACGAGGATGTGTGGATGGAAATTTTATCAAGACTGTCCATAAAATCTTTGATGCGATTGAGGTGTGTTTGTAAATCTTGGAGTGCCTTAATAAAAAGTCCTCATTTCATCTCCAAACACCTAAAAGACTATAATGATGAAAATACTCATCTTACTATCGATTGTGGACGAGACCATATAATAAATGTTTTCCCTGACGGAACACTAACAGATATATCGTATGAAGATGTCTGTATGCCGAAACCTGGAATCGTTTGGGGTCCTTATGATGGTATATTCTGTGTATGCAACAACACTCTTATAACTTTATGGAACCTTGCGAAAAAAGAATATAAAGTTCTTCCAAAATGGAAGCCTTGTCTTCCACGTTACGCATATCCTTTAATGTTGGATTTGGATTAGTTGATCCAACAAGTACTGACTATAAGGTAATTTGCATATGCAAGTCGATTGATGAGAAGATTTACGACAATATTGAGGAGCATTCGTTTGCTATGATATACGCTTCATGATACAACTCTGCAACTCAGAGTTTATATCCTAGATTTACACTTTTCGAGTAAGTGCTGACTCCCGCAAAAAGAATTGAAATTAATTGGAGAAACAGAGATTGCAGGAGAAGACGGAGAGAGAAGAAGAAATATTTTCCATTTCCTTGCTTTCTATGACGTGTTCCCCTCTACATATATCTTTTACCCCTCAACATTACACGTGTAACTAACCAACAAATGAATGATTCAAAGAAAAAACAGTCACAACAAAATAACAAAATCGCAGCTGCCATCTTT
这个是5‘到3’的序列
赞一下 回复此楼
5楼2015-11-23 11:53:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

SonmB

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by XuanyuanLand at 2015-11-23 11:53:32
因为转录本第一个5'的帽子是在第一个G上加的甲基啊，其他我就不知道了

那有没有可能G前面的几个序列是多余的？第一个G到ATG是5‘UTR？
赞一下 回复此楼
6楼2015-11-23 11:55:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

XuanyuanLand

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
6楼: Originally posted by SonmB at 2015-11-23 11:55:39
那有没有可能G前面的几个序列是多余的？第一个G到ATG是5‘UTR？...

这是转录组测序？真核生物的话，不可能吧？

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
7楼2015-11-23 12:01:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

SonmB

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by XuanyuanLand at 2015-11-23 12:01:58
这是转录组测序？真核生物的话，不可能吧？
...

确实是转录组的数据，不知道哪里不正确，希望能多多指教。实验新手，这些基本的知识还不太懂
赞一下 回复此楼
8楼2015-11-23 20:28:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

XuanyuanLand

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
8楼: Originally posted by SonmB at 2015-11-23 20:28:27
确实是转录组的数据，不知道哪里不正确，希望能多多指教。实验新手，这些基本的知识还不太懂...

其实仅从序列很难看出是不是完整，建议还是找找相关EST序列，拼成转录本，再比较

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
9楼2015-11-23 21:46:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

SonmB

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
9楼: Originally posted by XuanyuanLand at 2015-11-23 21:46:29
其实仅从序列很难看出是不是完整，建议还是找找相关EST序列，拼成转录本，再比较
...

多谢指教，很好的建议。如果能找到就不用做RACE了，这样就会省很多事情。
赞一下 回复此楼
10楼2015-11-24 10:45:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 SonmB 的主题更新
121/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] FileCode能看出啥？ +8 要乐观耀哥 2026-08-10 23/1150 2026-08-13 00:35 by 要乐观耀哥
[基金申请] 不应该看fileCode +5 且听虎啸 2026-08-12 6/300 2026-08-12 16:26 by Tide man
[基金申请] 好奇怪的filecode +5 布布和一二 2026-08-08 6/300 2026-08-12 16:11 by 云上清扬
[基金申请] filecode +13 documentary 2026-08-10 15/750 2026-08-12 15:56 by 云上清扬
[论文投稿] 职称评审，求友友推荐见刊最快的期刊 +4 工厂打螺丝 2026-08-08 4/200 2026-08-12 09:18 by hansi2025
[基金申请] 综述论文作为代表作会不会影响评审专家的印象分？ +11 yufeiwaner 2026-08-09 13/650 2026-08-12 08:17 by yufeiwaner
[基金申请] 帮忙看看fileCode +7 wwncly 2026-08-10 13/650 2026-08-11 19:36 by 冰心玉壶晴
[硕博家园] 读博的好处 +3 lnee 2026-08-11 3/150 2026-08-11 18:10 by 希望我好好的
[基金申请] 我的国基提前知道中了，可是同事的操作让我实在接受不了，怎么会有这样的人 +8 家与远方 2026-08-10 13/650 2026-08-11 09:49 by 家与远方
[基金申请] 静等基金结果 +5 gjjjzhong 2026-08-10 16/800 2026-08-10 17:19 by Tide man
[基金申请] 这样的filecode谁见过 +11 布布和一二 2026-08-08 22/1100 2026-08-10 11:10 by wmfsnow
[基金申请] fileCode有新解读？ +10 Tide man 2026-08-08 18/900 2026-08-09 12:55 by 仁砚薪传
[基金申请] 关于filecode，很负责任的告诉大家 +6 爱看书的可乐 2026-08-08 7/350 2026-08-08 22:13 by a_niu
[基金申请] 关于豆爷回答的JTJC与%2F数量 +5 yang182083 2026-08-06 7/350 2026-08-08 18:29 by zhanghaozhu
[基金申请] 国基金的申报应该改成非等额制，评价高的钱多评价低的钱少，但是增加资助率 +7 a089 2026-08-07 7/350 2026-08-08 18:05 by gltch
[基金申请] 化学口download_prp&fileCode的固定段好像这几天一直没变，有变的大神么？ +3 Tide man 2026-08-07 4/200 2026-08-07 22:39 by Tide man
[基金申请] 固定端突然变了，今天 +6 archvillain 2026-08-06 10/500 2026-08-07 16:03 by 医学老男孩
[基金申请] 大家散了吧，后缀研究没有意义，别浪费时间了，过好目前的每一天，不要焦虑 +5 Tide man 2026-08-06 7/350 2026-08-07 13:11 by 医学老男孩
[基金申请] filecode +14 等待解的谜 2026-08-06 19/950 2026-08-07 12:20 by wlwhappy
[基金申请] filecode +8 布布和一二 2026-08-06 11/550 2026-08-06 20:41 by tangpu318
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭