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SonmB

新虫 (初入文坛)

[交流] 求大神帮我分析一段序列是不是cDNA全长 已有3人参与

AAAGATGGCAGCTGCGATTTTGTTATTTTGTTGTGACTGTTTTTTCTTTGAATCATTCAT
TTGTTGGTTAGTTACACGTGTAATGTTGAGGGGTAAAAGATATATGTAGAGGGGAACACG
TCATAGAAAGCAAGGAAATGGAAAATATTTCTTCTTCTCTCTCCGTCTTCTCCTGCAATC
TCTGTTTCTCCAATTAATTTCAATTCTTTTTGCGGGAGTCAGCACTTACTCGAAAAGTGT
AAATCTAGGATATAAACTCTGAGTTGCAGAGTTGTATCATGAAGCGTATATCATAGCAAA
CGAATGCTCCTCAATATTGTCGTAAATCTTCTCATCAATCGACTTGCATATGCAAATTAC
CTTATAGTCAGTACTTGTTGGATCAACTAATCCAAATCCAACATTAAAGGATATGCGTAA
CGTGGAAGACAAGGCTTCCATTTTGGAAGAACTTTATATTCTTTTTTCGCAAGGTTCCAT
AAAGTTATAAGAGTGTTGTTGCATACACAGAATATACCATCATAAGGACCCCAAACGATT
CCAGGTTTCGGCATACAGACATCTTCATACGATATATCTGTTAGTGTTCCGTCAGGGAAA
ACATTTATTATATGGTCTCGTCCACAATCGATAGTAAGATGAGTATTTTCATCATTATAG
TCTTTTAGGTGTTTGGAGATGAAATGAGGACTTTTTATTAAGGCACTCCAAGATTTACAA
ACACACCTCAATCGCATCAAAGATTTTATGGACAGTCTTGATAAAATTTCCATCCACACA
TCCTCGTGCATGACTATGCTGCAAGCATTTTTCGTCGGGGT
这是一段转录组的序列,中间有一段ORF,但是不知道怎样确定3‘和5’UTR是否完整。求大神指导分析方法
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XuanyuanLand

银虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
第一个不是G,5'-UTR不完整,完毕。

发自小木虫Android客户端
2楼2015-11-23 10:54:05
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SonmB

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by XuanyuanLand at 2015-11-23 10:54:05
第一个不是G,5'-UTR不完整,完毕。

额,我是想知道怎么分析的,可不可以帮我解释一下。谢谢
3楼2015-11-23 11:51:17
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XuanyuanLand

银虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
因为转录本第一个5'的帽子是在第一个G上加的甲基啊,其他我就不知道了

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4楼2015-11-23 11:53:32
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SonmB

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by XuanyuanLand at 2015-11-23 10:54:05
第一个不是G,5'-UTR不完整,完毕。

ACCCCGACGAAAAATGCTTGCAGCATAGTCATGCACGAGGATGTGTGGATGGAAATTTTATCAAGACTGTCCATAAAATCTTTGATGCGATTGAGGTGTGTTTGTAAATCTTGGAGTGCCTTAATAAAAAGTCCTCATTTCATCTCCAAACACCTAAAAGACTATAATGATGAAAATACTCATCTTACTATCGATTGTGGACGAGACCATATAATAAATGTTTTCCCTGACGGAACACTAACAGATATATCGTATGAAGATGTCTGTATGCCGAAACCTGGAATCGTTTGGGGTCCTTATGATGGTATATTCTGTGTATGCAACAACACTCTTATAACTTTATGGAACCTTGCGAAAAAAGAATATAAAGTTCTTCCAAAATGGAAGCCTTGTCTTCCACGTTACGCATATCCTTTAATGTTGGATTTGGATTAGTTGATCCAACAAGTACTGACTATAAGGTAATTTGCATATGCAAGTCGATTGATGAGAAGATTTACGACAATATTGAGGAGCATTCGTTTGCTATGATATACGCTTCATGATACAACTCTGCAACTCAGAGTTTATATCCTAGATTTACACTTTTCGAGTAAGTGCTGACTCCCGCAAAAAGAATTGAAATTAATTGGAGAAACAGAGATTGCAGGAGAAGACGGAGAGAGAAGAAGAAATATTTTCCATTTCCTTGCTTTCTATGACGTGTTCCCCTCTACATATATCTTTTACCCCTCAACATTACACGTGTAACTAACCAACAAATGAATGATTCAAAGAAAAAACAGTCACAACAAAATAACAAAATCGCAGCTGCCATCTTT
这个是5‘到3’的序列
5楼2015-11-23 11:53:43
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SonmB

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by XuanyuanLand at 2015-11-23 11:53:32
因为转录本第一个5'的帽子是在第一个G上加的甲基啊,其他我就不知道了

那有没有可能G前面的几个序列是多余的?第一个G到ATG是5‘UTR?
6楼2015-11-23 11:55:39
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XuanyuanLand

银虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
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6楼: Originally posted by SonmB at 2015-11-23 11:55:39
那有没有可能G前面的几个序列是多余的?第一个G到ATG是5‘UTR?...

这是转录组测序?真核生物的话,不可能吧?

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7楼2015-11-23 12:01:58
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SonmB

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
7楼: Originally posted by XuanyuanLand at 2015-11-23 12:01:58
这是转录组测序?真核生物的话,不可能吧?
...

确实是转录组的数据,不知道哪里不正确,希望能多多指教。实验新手,这些基本的知识还不太懂
8楼2015-11-23 20:28:27
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XuanyuanLand

银虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
8楼: Originally posted by SonmB at 2015-11-23 20:28:27
确实是转录组的数据,不知道哪里不正确,希望能多多指教。实验新手,这些基本的知识还不太懂...

其实仅从序列很难看出是不是完整,建议还是找找相关EST序列,拼成转录本,再比较

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9楼2015-11-23 21:46:29
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SonmB

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
9楼: Originally posted by XuanyuanLand at 2015-11-23 21:46:29
其实仅从序列很难看出是不是完整,建议还是找找相关EST序列,拼成转录本,再比较
...

多谢指教,很好的建议。如果能找到就不用做RACE了,这样就会省很多事情。
10楼2015-11-24 10:45:38
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