应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 求大神帮我分析一段序列是不是cDNA全长
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
121/2返回列表12下一页
查看: 1300  |  回复: 11
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

SonmB

新虫 (初入文坛)

[交流] 求大神帮我分析一段序列是不是cDNA全长 已有3人参与

AAAGATGGCAGCTGCGATTTTGTTATTTTGTTGTGACTGTTTTTTCTTTGAATCATTCAT
TTGTTGGTTAGTTACACGTGTAATGTTGAGGGGTAAAAGATATATGTAGAGGGGAACACG
TCATAGAAAGCAAGGAAATGGAAAATATTTCTTCTTCTCTCTCCGTCTTCTCCTGCAATC
TCTGTTTCTCCAATTAATTTCAATTCTTTTTGCGGGAGTCAGCACTTACTCGAAAAGTGT
AAATCTAGGATATAAACTCTGAGTTGCAGAGTTGTATCATGAAGCGTATATCATAGCAAA
CGAATGCTCCTCAATATTGTCGTAAATCTTCTCATCAATCGACTTGCATATGCAAATTAC
CTTATAGTCAGTACTTGTTGGATCAACTAATCCAAATCCAACATTAAAGGATATGCGTAA
CGTGGAAGACAAGGCTTCCATTTTGGAAGAACTTTATATTCTTTTTTCGCAAGGTTCCAT
AAAGTTATAAGAGTGTTGTTGCATACACAGAATATACCATCATAAGGACCCCAAACGATT
CCAGGTTTCGGCATACAGACATCTTCATACGATATATCTGTTAGTGTTCCGTCAGGGAAA
ACATTTATTATATGGTCTCGTCCACAATCGATAGTAAGATGAGTATTTTCATCATTATAG
TCTTTTAGGTGTTTGGAGATGAAATGAGGACTTTTTATTAAGGCACTCCAAGATTTACAA
ACACACCTCAATCGCATCAAAGATTTTATGGACAGTCTTGATAAAATTTCCATCCACACA
TCCTCGTGCATGACTATGCTGCAAGCATTTTTCGTCGGGGT
这是一段转录组的序列，中间有一段ORF，但是不知道怎样确定3‘和5’UTR是否完整。求大神指导分析方法
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2015-11-23 10:44:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

XuanyuanLand

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
第一个不是G，5'-UTR不完整，完毕。

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
2楼2015-11-23 10:54:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

SonmB

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by XuanyuanLand at 2015-11-23 10:54:05
第一个不是G，5'-UTR不完整，完毕。

额，我是想知道怎么分析的，可不可以帮我解释一下。谢谢
赞一下 回复此楼
3楼2015-11-23 11:51:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

XuanyuanLand

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
因为转录本第一个5'的帽子是在第一个G上加的甲基啊，其他我就不知道了

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
4楼2015-11-23 11:53:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

SonmB

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by XuanyuanLand at 2015-11-23 10:54:05
第一个不是G，5'-UTR不完整，完毕。

ACCCCGACGAAAAATGCTTGCAGCATAGTCATGCACGAGGATGTGTGGATGGAAATTTTATCAAGACTGTCCATAAAATCTTTGATGCGATTGAGGTGTGTTTGTAAATCTTGGAGTGCCTTAATAAAAAGTCCTCATTTCATCTCCAAACACCTAAAAGACTATAATGATGAAAATACTCATCTTACTATCGATTGTGGACGAGACCATATAATAAATGTTTTCCCTGACGGAACACTAACAGATATATCGTATGAAGATGTCTGTATGCCGAAACCTGGAATCGTTTGGGGTCCTTATGATGGTATATTCTGTGTATGCAACAACACTCTTATAACTTTATGGAACCTTGCGAAAAAAGAATATAAAGTTCTTCCAAAATGGAAGCCTTGTCTTCCACGTTACGCATATCCTTTAATGTTGGATTTGGATTAGTTGATCCAACAAGTACTGACTATAAGGTAATTTGCATATGCAAGTCGATTGATGAGAAGATTTACGACAATATTGAGGAGCATTCGTTTGCTATGATATACGCTTCATGATACAACTCTGCAACTCAGAGTTTATATCCTAGATTTACACTTTTCGAGTAAGTGCTGACTCCCGCAAAAAGAATTGAAATTAATTGGAGAAACAGAGATTGCAGGAGAAGACGGAGAGAGAAGAAGAAATATTTTCCATTTCCTTGCTTTCTATGACGTGTTCCCCTCTACATATATCTTTTACCCCTCAACATTACACGTGTAACTAACCAACAAATGAATGATTCAAAGAAAAAACAGTCACAACAAAATAACAAAATCGCAGCTGCCATCTTT
这个是5‘到3’的序列
赞一下 回复此楼
5楼2015-11-23 11:53:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

SonmB

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by XuanyuanLand at 2015-11-23 11:53:32
因为转录本第一个5'的帽子是在第一个G上加的甲基啊，其他我就不知道了

那有没有可能G前面的几个序列是多余的？第一个G到ATG是5‘UTR？
赞一下 回复此楼
6楼2015-11-23 11:55:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

XuanyuanLand

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
6楼: Originally posted by SonmB at 2015-11-23 11:55:39
那有没有可能G前面的几个序列是多余的？第一个G到ATG是5‘UTR？...

这是转录组测序？真核生物的话，不可能吧？

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
7楼2015-11-23 12:01:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

SonmB

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by XuanyuanLand at 2015-11-23 12:01:58
这是转录组测序？真核生物的话，不可能吧？
...

确实是转录组的数据，不知道哪里不正确，希望能多多指教。实验新手，这些基本的知识还不太懂
赞一下 回复此楼
8楼2015-11-23 20:28:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

XuanyuanLand

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
8楼: Originally posted by SonmB at 2015-11-23 20:28:27
确实是转录组的数据，不知道哪里不正确，希望能多多指教。实验新手，这些基本的知识还不太懂...

其实仅从序列很难看出是不是完整，建议还是找找相关EST序列，拼成转录本，再比较

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
9楼2015-11-23 21:46:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

SonmB

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
9楼: Originally posted by XuanyuanLand at 2015-11-23 21:46:29
其实仅从序列很难看出是不是完整，建议还是找找相关EST序列，拼成转录本，再比较
...

多谢指教，很好的建议。如果能找到就不用做RACE了，这样就会省很多事情。
赞一下 回复此楼
10楼2015-11-24 10:45:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 SonmB 的主题更新
121/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 334求调剂 +3 雨清天晴 2026-03-21 3/150 2026-03-27 11:30 by 不吃魚的貓
[考研] 269专硕求调剂 +9 金恩贝 2026-03-21 9/450 2026-03-27 11:25 by 王笑宇一定是研�
[考研] 275求调剂 +4 jjjjjjjjjjl 2026-03-27 4/200 2026-03-27 11:08 by wangjy2002
[考研] 考研292求调剂 +3 YIXIAO789 2026-03-26 3/150 2026-03-27 10:51 by guoweigw
[考研] 292求调剂 +4 求求了收下我吧� 2026-03-26 4/200 2026-03-27 10:37 by zhshch
[考研] 一志愿哈尔滨工业大学材料与化工方向336分 +3 辰沐5211314 2026-03-26 3/150 2026-03-27 10:24 by 尽舜尧1
[考研] 308求调剂 +6 墨墨漠 2026-03-25 6/300 2026-03-27 09:34 by 不吃魚的貓
[硕博家园] 招收生物学/细胞生物学调剂 +3 IceGuo 2026-03-26 4/200 2026-03-27 05:35 by user003
[考研] 329求调剂 +7 钮恩雪 2026-03-25 7/350 2026-03-27 04:28 by wxiongid
[考研] 0703化学求调剂 +3 丹青奶盖 2026-03-26 5/250 2026-03-26 20:11 by macy2011
[考研] 一志愿北京化工大学材料与化工（085600）296求调剂 +9 稻妻小编 2026-03-26 9/450 2026-03-26 16:16 by 不吃魚的貓
[考研] 299求调剂 +7 某某某某位 2026-03-21 8/400 2026-03-25 20:34 by 热情沙漠
[考研] 【2026考研调剂】制药工程 284分 求相关专业调剂名额 +4 袁奂奂 2026-03-25 8/400 2026-03-25 14:32 by lbsjt
[考研] 085600材料与化工调剂 +9 A-哆啦Z梦 2026-03-23 15/750 2026-03-25 11:18 by Ainin_
[考研] 考研化学308分求调剂 +10 你好明天你好 2026-03-23 11/550 2026-03-25 10:23 by userper
[考研] 0703化学调剂，求导师收 +7 天天好运来上岸� 2026-03-24 7/350 2026-03-24 20:26 by peike
[考研] 材料专硕找调剂 +5 哈哈哈吼吼吼哈 2026-03-23 5/250 2026-03-24 19:07 by 了了了了。。
[考研] 085404电子信息284分求调剂 +4 13659058978 2026-03-24 4/200 2026-03-24 12:15 by syl20081243
[考研] 求调剂院校信息 +6 CX 330 2026-03-21 6/300 2026-03-22 15:25 by 无懈可击111
[考研] 311求调剂 +3 26研0 2026-03-20 3/150 2026-03-22 14:46 by ColorlessPI
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭