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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » dump命令无法导出文件
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chufengj

新虫 (正式写手)

[求助] dump命令无法导出文件 已有1人参与

-------------------------------------------------------以下是疑惑---------------------------------------------------------------------------

我想做的是导出不同温度弛豫时，铜原子的势能，用compute计算然后用dump导出。

可是现在dump无法导出，但是它又没报错，所以在想会不会是导出到其他文件夹里面了。

还有，我用thermo输出热力学信息，里面的E_Pair、E_mol分别代表什么？

请各位指导，谢谢！

dump命令无法导出文件
in 1.png


dump命令无法导出文件-1
in2.png


dump命令无法导出文件-2
out1.png


dump命令无法导出文件-3
out2.png
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1楼 2015-11-21 17:53:15
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luftf

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chufengj: 金币+50, ★★★★★最佳答案, 解决问题了 2015-11-23 22:27:43
lammps是从上到下逐行执行的，所以得注意命令的顺序
你的run在dump前面，已经run了，所以就不dump了
把dump那一行剪切贴到run的前面就行了
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2楼2015-11-21 18:24:20
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chufengj

新虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by luftf at 2015-11-21 18:24:20
lammps是从上到下逐行执行的，所以得注意命令的顺序
你的run在dump前面，已经run了，所以就不dump了
把dump那一行剪切贴到run的前面就行了

你好，我还有两个问题想请教您。

用thermo输出的热力学信息里面的E_pair和E_mol是啥意思？

还有我用dump导出的*.atom 文件打不开。
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3楼2015-11-23 22:31:20
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chufengj

新虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by luftf at 2015-11-21 18:24:20
lammps是从上到下逐行执行的，所以得注意命令的顺序
你的run在dump前面，已经run了，所以就不dump了
把dump那一行剪切贴到run的前面就行了

你好，我还有两个问题想请教您。

用thermo输出的热力学信息里面的E_pair和E_mol是啥意思？

还有我用dump导出的*.atom 文件打不开，一点击就是火狐浏览器打开了~
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4楼2015-11-23 22:31:43
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chufengj

新虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by luftf at 2015-11-21 18:24:20
lammps是从上到下逐行执行的，所以得注意命令的顺序
你的run在dump前面，已经run了，所以就不dump了
把dump那一行剪切贴到run的前面就行了

我想得到的是compute计算出的势能。

因为我想做一个能量随时间或者温度的变化曲线。
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5楼2015-11-23 22:37:45
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luftf

木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by chufengj at 2015-11-23 22:37:45
我想得到的是compute计算出的势能。

因为我想做一个能量随时间或者温度的变化曲线。...

1，关于能量
etotal是系统总能量=系统势能+动能
E_pair是对势的能量。比如你只用LJ势函数，就统计的全部是对势
E_mol是分子能，包括键长、键角、二面角变化需要的能量。
如果要模拟碳管、石墨之类的或者碳氢化合物、烃类等，就可能需要统计键长、键角、二面角能量
而就你上传的算例而言，铜是金属，用的是EAM势函数，所以无所谓键长、键角、二面角能量

如果要做一个能量随时间或者温度的变化曲线，直接用etotal好了

2，关于输出文件，
打不开是啥意思？难道你是双击*.atom文件？如果是双击的话，肯定打不开。。。
如果你想要查看系统的形貌随时间的演化，去下载vmd或atomeye打开
如果你想要统计数据，下载个文本编辑器，例如ultraedit之类的


3，另外帮你检查了输入文件，其中可能的问题：
（1）timestep, 0.01太大了，系统容易崩溃，一般用0.001
（2）势函数，铜的势函数不要用系统自带的Cu_u3.eam，当然如果只是拿来练手就没事，如果用来发paper可能会被审稿人揪着不放的
（3）系统的温控并不好，3000步的时候389度，怀疑系统是否已经平衡，建议增加弛豫时间，或者调整nvt那一行的参数。
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6楼2015-11-24 00:22:09
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kenybin

木虫 (小有名气)
学习了

发自小木虫Android客户端
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认认真真做每一件事
7楼2015-11-24 07:09:15
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老夫子成

金虫 (正式写手)
不懂帮顶！

发自小木虫Android客户端
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8楼2015-11-24 07:09:38
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chufengj

新虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by luftf at 2015-11-24 00:22:09
1，关于能量
etotal是系统总能量=系统势能+动能
E_pair是对势的能量。比如你只用LJ势函数，就统计的全部是对势
E_mol是分子能，包括键长、键角、二面角变化需要的能量。
如果要模拟碳管、石墨之类的或者碳氢化 ...

你好，先谢谢你细致的回答。

还遇到两个问题不太明白：

1.我用atomeye打开，*.atom文件出现关于PATH的提示。

2.我给变量赋予不同的温度，然后在不同温度下弛豫，想得到不同温度下的能量，结果算出的能量全部相同，不知道是为什么
dump命令无法导出文件-4
atom文件打开失败.png


dump命令无法导出文件-5
compute计算结果.png
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9楼2015-11-27 23:02:40
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chufengj

新虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by luftf at 2015-11-24 00:22:09
1，关于能量
etotal是系统总能量=系统势能+动能
E_pair是对势的能量。比如你只用LJ势函数，就统计的全部是对势
E_mol是分子能，包括键长、键角、二面角变化需要的能量。
如果要模拟碳管、石墨之类的或者碳氢化 ...

这是in文件
dump命令无法导出文件-6
in1.png


dump命令无法导出文件-7
in2.png
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10楼2015-11-27 23:06:27
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