| 查看: 3031 | 回复: 9 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[求助]
dump命令无法导出文件 已有1人参与
|
|||
|
-------------------------------------------------------以下是疑惑--------------------------------------------------------------------------- 我想做的是导出不同温度弛豫时，铜原子的势能，用compute计算然后用dump导出。 可是现在dump无法导出，但是它又没报错，所以在想会不会是导出到其他文件夹里面了。 还有，我用thermo输出热力学信息，里面的E_Pair、E_mol分别代表什么？ 请各位指导，谢谢！  in 1.png  in2.png  out1.png  out2.png |
回复此楼» 猜你喜欢
321求调剂
已经有4人回复
-
总分322求生物学/生化与分子/生物信息学相关调剂
已经有4人回复
-
085600材料与化工306
已经有5人回复
-
265求调剂
已经有15人回复
-
化学工程085602 305分求调剂
已经有16人回复
-
考研调剂
已经有8人回复
-
289求调剂
已经有17人回复
-
一志愿北京化工大学材料与化工（085600）296求调剂
已经有9人回复
-
一志愿华理，数一英一285求A区调剂
已经有6人回复
-
一志愿 西北大学 总分282 英语一62 求调剂
已经有7人回复
luftf
木虫 (正式写手)
- 应助: 51 (初中生)
- 金币: 3257.7
- 散金: 685
- 红花: 19
- 帖子: 541
- 在线: 200.2小时
- 虫号: 821742
- 注册: 2009-08-04
- 性别: GG
- 专业: 金属材料的力学行为
|
1，关于能量 etotal是系统总能量=系统势能+动能 E_pair是对势的能量。比如你只用LJ势函数，就统计的全部是对势 E_mol是分子能，包括键长、键角、二面角变化需要的能量。 如果要模拟碳管、石墨之类的或者碳氢化合物、烃类等，就可能需要统计键长、键角、二面角能量 而就你上传的算例而言，铜是金属，用的是EAM势函数，所以无所谓键长、键角、二面角能量 如果要做一个能量随时间或者温度的变化曲线，直接用etotal好了 2，关于输出文件， 打不开是啥意思？难道你是双击*.atom文件？如果是双击的话，肯定打不开。。。 如果你想要查看系统的形貌随时间的演化，去下载vmd或atomeye打开 如果你想要统计数据，下载个文本编辑器，例如ultraedit之类的 3，另外帮你检查了输入文件，其中可能的问题： （1）timestep, 0.01太大了，系统容易崩溃，一般用0.001 （2）势函数，铜的势函数不要用系统自带的Cu_u3.eam，当然如果只是拿来练手就没事，如果用来发paper可能会被审稿人揪着不放的 （3）系统的温控并不好，3000步的时候389度，怀疑系统是否已经平衡，建议增加弛豫时间，或者调整nvt那一行的参数。 |
6楼2015-11-24 00:22:09
luftf
木虫 (正式写手)
- 应助: 51 (初中生)
- 金币: 3257.7
- 散金: 685
- 红花: 19
- 帖子: 541
- 在线: 200.2小时
- 虫号: 821742
- 注册: 2009-08-04
- 性别: GG
- 专业: 金属材料的力学行为
2楼2015-11-21 18:24:20
3楼2015-11-23 22:31:20
4楼2015-11-23 22:31:43
5
