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dump命令无法导出文件 已有1人参与
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-------------------------------------------------------以下是疑惑--------------------------------------------------------------------------- 我想做的是导出不同温度弛豫时，铜原子的势能，用compute计算然后用dump导出。 可是现在dump无法导出，但是它又没报错，所以在想会不会是导出到其他文件夹里面了。 还有，我用thermo输出热力学信息，里面的E_Pair、E_mol分别代表什么？ 请各位指导，谢谢！  in 1.png  in2.png  out1.png  out2.png |
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2楼2015-11-21 18:24:20
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luftf
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1，关于能量 etotal是系统总能量=系统势能+动能 E_pair是对势的能量。比如你只用LJ势函数，就统计的全部是对势 E_mol是分子能，包括键长、键角、二面角变化需要的能量。 如果要模拟碳管、石墨之类的或者碳氢化合物、烃类等，就可能需要统计键长、键角、二面角能量 而就你上传的算例而言，铜是金属，用的是EAM势函数，所以无所谓键长、键角、二面角能量 如果要做一个能量随时间或者温度的变化曲线，直接用etotal好了 2，关于输出文件， 打不开是啥意思？难道你是双击*.atom文件？如果是双击的话，肯定打不开。。。 如果你想要查看系统的形貌随时间的演化，去下载vmd或atomeye打开 如果你想要统计数据，下载个文本编辑器，例如ultraedit之类的 3，另外帮你检查了输入文件，其中可能的问题： （1）timestep, 0.01太大了，系统容易崩溃，一般用0.001 （2）势函数，铜的势函数不要用系统自带的Cu_u3.eam，当然如果只是拿来练手就没事，如果用来发paper可能会被审稿人揪着不放的 （3）系统的温控并不好，3000步的时候389度，怀疑系统是否已经平衡，建议增加弛豫时间，或者调整nvt那一行的参数。 |
6楼2015-11-24 00:22:09
kenybin
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