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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 求助：PCR产物电泳时条带为什么被“劈开”了？
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shoes

铜虫 (初入文坛)

[交流] 求助：PCR产物电泳时条带为什么被“劈开”了？

向各位老师请教：PCR产物跑琼脂糖凝胶电泳的结果如图一。电泳条件：100mV，30min
最右端为marker，大小分别是100，200，…600kb
预期的PCR产物条带大小是480kb，不知道为什么出现了两条很接近的条带，个人感觉不像是引物二聚体。
奇怪的是酶切以后再电泳这种现象又消失了，条带清晰而完整。如图二
请各位老师帮忙分析分析原因，谢谢！
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1楼 2008-09-15 20:30:16
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christopher

金虫 (小有名气)
原因可能是制胶过程中出现问题，或是由于凝胶混合不均，或是配制过程导致底部和上层浓度不一致，所以电泳速度就不一样
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同甘共苦，肝胆相照
2楼2008-09-16 01:18:51
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shoes

铜虫 (初入文坛)
非常感谢christopher站友的意见！
不过PCR产物和酶切产物电泳用的是同一批胶，为什么后者没有发现这种现象呢？
另外我个人猜想这种情况下（表层和底层之间出现了密度梯度）条带是不是应该拉的比较长，而不是分为两条？
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3楼2008-09-16 10:42:24
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shoes

铜虫 (初入文坛)
有个师姐说可能是部分扩增产物自身成环了，具体怎么回事还不大清楚，比如形成机制，能不能避免等等，准备再问问她。
有哪位战友能解释一下吗？非常感谢！
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4楼2008-09-17 20:16:10
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libo0628

银虫 (小有名气)
非特异扩增，退火温度提高两度试试
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5楼2008-09-17 21:51:32
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annwt

木虫 (正式写手)
如果是胶或者电泳槽有问题，marker也应该是双着的，从图可见marker很正常，应该是产物有问题，

PCR产物可以讲相当复杂，正常的产物有时仅仅是人们的希望，而电泳又仅仅是按大小将核算分开，所以问题多。

处理意见：就像计算机死机就从新装系统一样，条件容许就从新PCR，注意都用新的，包括引物都是从新稀释的。这样也许会有理想的结果。祝你成功！

[ Last edited by annwt on 2008-9-19 at 22:13 ]
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6楼2008-09-18 07:46:40
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shoes

铜虫 (初入文坛)
感谢两位的宝贵建议！
以上结果已经重复了多次。尝试改变了一些条件比如电泳槽和电压，没有改善。目前仍在继续努力，也希望大家多多帮忙！
另外在一篇过去发表的文献上见到了同样的问题（同样位点的同样实验：单核苷酸多态性）。文献没给出答案……
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7楼2008-09-18 22:34:05
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