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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » [求助]在ChemDraw中绘制的大分子，如何转化成能直接导入Gaussian计算的格式
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gaohongmei128

金虫 (小有名气)

[交流] [求助]在ChemDraw中绘制的大分子，如何转化成能直接导入Gaussian计算的格式

请教各位好心人，指点一下：


在ChemDraw中绘制的大分子，如何转化成能直接导入Gaussian计算的文件格式。
  
   谢谢啦，谢谢抽出宝贵时间指点一下，万分的感激！
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核壳催化剂2013-09-23

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1楼 2008-09-15 16:44:27
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yeziwon

铜虫 (初入文坛)
★ ★
灯塔守望者(金币+2,VIP+0):谢谢支持小木虫
先导入到chem3d,然后再保存为gjf格式，我刚刚试了，出现的是乱码，貌似不行。
不过可以先用chem3d构建正确的立体结构，然后点击标题栏中的View，找到Cartesian Table 或者 Z-Matrix table 复制下直角坐标或者内坐标，打开
gaussian建立一个新的.gjf文件，将刚才复制下的坐标稍作修改（去掉数据中出现的括号），加上命令，就可进行高斯的运算。
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If you believe it, you can achieve it.
3楼2008-09-19 13:15:04
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普通回帖

zyy816

至尊木虫 (著名写手)
★
jghe(金币+1,VIP+0):谢谢参与讨论！
先导入到chem3d,然后再保存为gjf格式,应该是可以的,但是,你在chem3d里面检验立体结构是否正确
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2楼2008-09-15 17:38:53
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gaohongmei128

金虫 (小有名气)
谢谢一楼和二楼的同道人，谢谢谢谢！
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4楼2008-09-19 18:45:03
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yuan888

铜虫 (小有名气)
★
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
问一下用chemdraw画一个 分子  然后保存为.mol文件 直接用gv打开  计算不行么？
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5楼2008-09-20 09:19:30
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vizq

至尊木虫 (著名写手)
用3d造gaussian输入文件是要创建，而不是保存。
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6楼2008-09-24 13:39:37
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tsihu

捐助贵宾 (小有名气)
还是用hyperchem到Gaussview比较好,或者直接用hyperchem
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我思故我为
7楼2008-09-25 09:54:19
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zhang20088706

木虫 (小有名气)
同意楼上，我也常用hyperchem到Gaussview，DNA、蛋白质这些大分子都很好画有模板的
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8楼2008-09-26 14:16:33
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nxf_2008

木虫 (正式写手)
你先用chemdraw画出分子保存为xx.cdx,在chem3D中预优化一下得到最低能量稳定构型在保存为xx.gjc,用记事本打开,把坐标复制到gjf文件中,然后在gaussian中在优化就可以了
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天高任鸟飞，海阔凭鱼跃！
9楼2008-09-26 14:54:51
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mwhds44

银虫 (初入文坛)
还是用hyperchem到Gaussview比较好,或者直接用hyperchem
请问高人如何用hyperchem将所画构型保存为高斯识别的格式，我看了一下，hyperchem可以保存为chemdraw的格式，通用的mol（有缺陷，信息不完整）格式，但是不能为gjf格式，请问高人到底怎么用？？？？
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10楼2008-09-28 11:18:02
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