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gaohongmei128

金虫 (小有名气)

[交流] [求助]在ChemDraw中绘制的大分子,如何转化成能直接导入Gaussian计算的格式

请教各位好心人,指点一下:


在ChemDraw中绘制的大分子,如何转化成能直接导入Gaussian计算的文件格式。
  
   谢谢啦,谢谢抽出宝贵时间指点一下,万分的感激!
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yeziwon

铜虫 (初入文坛)

★ ★
灯塔守望者(金币+2,VIP+0):谢谢支持小木虫
先导入到chem3d,然后再保存为gjf格式,我刚刚试了,出现的是乱码,貌似不行。
不过可以先用chem3d构建正确的立体结构,然后点击标题栏中的View,找到Cartesian Table 或者 Z-Matrix table 复制下直角坐标或者内坐标,打开
gaussian建立一个新的.gjf文件,将刚才复制下的坐标稍作修改(去掉数据中出现的括号),加上命令,就可进行高斯的运算。
If you believe it, you can achieve it.
3楼2008-09-19 13:15:04
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普通回帖

zyy816

至尊木虫 (著名写手)


jghe(金币+1,VIP+0):谢谢参与讨论!
先导入到chem3d,然后再保存为gjf格式,应该是可以的,但是,你在chem3d里面检验立体结构是否正确
2楼2008-09-15 17:38:53
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gaohongmei128

金虫 (小有名气)

谢谢一楼和二楼的同道人,谢谢谢谢!
4楼2008-09-19 18:45:03
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yuan888

铜虫 (小有名气)


zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与,欢迎再次光临计算模拟版!
问一下用chemdraw画一个 分子  然后保存为.mol文件 直接用gv打开  计算不行么?
5楼2008-09-20 09:19:30
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vizq

至尊木虫 (著名写手)

用3d造gaussian输入文件是要创建,而不是保存。
6楼2008-09-24 13:39:37
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tsihu

捐助贵宾 (小有名气)

还是用hyperchem到Gaussview比较好,或者直接用hyperchem
我思故我为
7楼2008-09-25 09:54:19
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zhang20088706

木虫 (小有名气)

同意楼上,我也常用hyperchem到Gaussview,DNA、蛋白质这些大分子都很好画有模板的
8楼2008-09-26 14:16:33
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nxf_2008

木虫 (正式写手)

你先用chemdraw画出分子保存为xx.cdx,在chem3D中预优化一下得到最低能量稳定构型在保存为xx.gjc,用记事本打开,把坐标复制到gjf文件中,然后在gaussian中在优化就可以了
天高任鸟飞,海阔凭鱼跃!
9楼2008-09-26 14:54:51
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mwhds44

银虫 (初入文坛)

还是用hyperchem到Gaussview比较好,或者直接用hyperchem
请问高人如何用hyperchem将所画构型保存为高斯识别的格式,我看了一下,hyperchem可以保存为chemdraw的格式,通用的mol(有缺陷,信息不完整)格式,但是不能为gjf格式,请问高人到底怎么用????
10楼2008-09-28 11:18:02
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