| 查看: 1491 | 回复: 2 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
[求助]
Amber复合物做MM-PBSA教程是蛋白老是出错！！！
|
||
|
小辈按照Amber官网上面的教程学习MM-PBSA，但是一开始我就进行不下去啦！我用命令： tleap -f oldff/leaprc.ff99SB > source leaprc.gaff > com = loadpdb ras-raf.pdb > ras = loadpdb ras.pdb > raf = loadpdb raf.pdb 打开三个pdb文件，可是总显示： Created a new atom named: HD22 within residue: .R<LEU 242> Created a new atom named: HD23 within residue: .R<LEU 242> Created a new atom named: C within residue: .R<LEU 242> Created a new atom named: O within residue: .R<LEU 242> Created a new atom named: OXT within residue: .R<LEU 242> total atoms in file: 3862 The file contained 3862 atoms not in residue templates 然后我继续运行下列命令： set default PBRadii mbondi2 saveamberparm com ras-raf.prmtop ras-raf.inpcrd saveamberparm ras ras.prmtop ras.inpcrd saveamberparm raf raf.prmtop raf.inpcrd 就出现以下情况： FATAL: Atom .R<LEU 242>.A<HD23 17> does not have a type. FATAL: Atom .R<LEU 242>.A<C 18> does not have a type. FATAL: Atom .R<LEU 242>.A<O 19> does not have a type. FATAL: Atom .R<LEU 242>.A<OXT 20> does not have a type. Failed to generate parameters Parameter file was not saved. 继续运行后面两步，能生成我要的*.inpcrd文件和*.prmtop文件，但是是空文件！！！ 请问这是什么问题啊？？？要怎么解决呢？？？做过这个例子的，可以指导一下么？？？跪谢~~~ |
回复此楼» 猜你喜欢
B区学生调剂-兰州交通大学材料科学与工程学院
已经有12人回复
-
山西大同大学物理学专业还有调剂名额，欢迎调剂！
已经有13人回复
-
物理学I论文润色/翻译怎么收费?
已经有123人回复
-
桂林理工大学物理学专业招收调剂
已经有18人回复
-
VASP 的一组 GPU / CPU 基准测试记录
已经有0人回复
-
津理工大学晶体材料全国重点实验室刘红军教授课题组招收博士生一名
已经有0人回复
-
【原创讨论】从电子约束到物质编辑：一套可迭代的环形磁场科技树
已经有0人回复
-
【方案分享】单环磁场+轴心控制+偏转导出电子束约束系统（可行性实验）
已经有6人回复
-
【修正版】单环用磁约束低速电子实验方案（简化版）
已经有0人回复
-
桂林理工大学物理学专业招收调剂，还有三个名额！！！
已经有11人回复
九色腾
新虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1482.1
- 散金: 86
- 红花: 2
- 帖子: 367
- 在线: 23.3小时
- 虫号: 7316710
- 注册: 2017-10-17
- 性别: MM
- 专业: 纤维
3楼2019-01-21 09:51:12
2楼2016-01-14 15:09:59
