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背包旅客

新虫 (初入文坛)

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注册: 2014-11-13
性别: MM
专业: 药物化学

[求助] Amber复合物做MM-PBSA教程是蛋白老是出错！！！

小辈按照Amber官网上面的教程学习MM-PBSA，但是一开始我就进行不下去啦！我用命令：
tleap -f oldff/leaprc.ff99SB
> source leaprc.gaff
> com = loadpdb ras-raf.pdb
> ras = loadpdb ras.pdb
> raf = loadpdb raf.pdb  打开三个pdb文件，可是总显示：
Created a new atom named: HD22 within residue: .R<LEU 242>
Created a new atom named: HD23 within residue: .R<LEU 242>
Created a new atom named: C within residue: .R<LEU 242>
Created a new atom named: O within residue: .R<LEU 242>
Created a new atom named: OXT within residue: .R<LEU 242>
  total atoms in file: 3862
The file contained 3862 atoms not in residue templates

然后我继续运行下列命令：
set default PBRadii mbondi2
saveamberparm com ras-raf.prmtop ras-raf.inpcrd
saveamberparm ras ras.prmtop ras.inpcrd
saveamberparm raf raf.prmtop raf.inpcrd
就出现以下情况：
FATAL:  Atom .R<LEU 242>.A<HD23 17> does not have a type.
FATAL:  Atom .R<LEU 242>.A<C 18> does not have a type.
FATAL:  Atom .R<LEU 242>.A<O 19> does not have a type.
FATAL:  Atom .R<LEU 242>.A<OXT 20> does not have a type.
Failed to generate parameters
Parameter file was not saved.

继续运行后面两步，能生成我要的*.inpcrd文件和*.prmtop文件，但是是空文件！！！

请问这是什么问题啊？？？要怎么解决呢？？？做过这个例子的，可以指导一下么？？？跪谢~~~

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