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Amber复合物做MM-PBSA教程是蛋白老是出错！！！
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小辈按照Amber官网上面的教程学习MM-PBSA，但是一开始我就进行不下去啦！我用命令： tleap -f oldff/leaprc.ff99SB > source leaprc.gaff > com = loadpdb ras-raf.pdb > ras = loadpdb ras.pdb > raf = loadpdb raf.pdb 打开三个pdb文件，可是总显示： Created a new atom named: HD22 within residue: .R<LEU 242> Created a new atom named: HD23 within residue: .R<LEU 242> Created a new atom named: C within residue: .R<LEU 242> Created a new atom named: O within residue: .R<LEU 242> Created a new atom named: OXT within residue: .R<LEU 242> total atoms in file: 3862 The file contained 3862 atoms not in residue templates 然后我继续运行下列命令： set default PBRadii mbondi2 saveamberparm com ras-raf.prmtop ras-raf.inpcrd saveamberparm ras ras.prmtop ras.inpcrd saveamberparm raf raf.prmtop raf.inpcrd 就出现以下情况： FATAL: Atom .R<LEU 242>.A<HD23 17> does not have a type. FATAL: Atom .R<LEU 242>.A<C 18> does not have a type. FATAL: Atom .R<LEU 242>.A<O 19> does not have a type. FATAL: Atom .R<LEU 242>.A<OXT 20> does not have a type. Failed to generate parameters Parameter file was not saved. 继续运行后面两步，能生成我要的*.inpcrd文件和*.prmtop文件，但是是空文件！！！ 请问这是什么问题啊？？？要怎么解决呢？？？做过这个例子的，可以指导一下么？？？跪谢~~~ |
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2楼2016-01-14 15:09:59
九色腾
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