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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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hshhqu3

新虫 (小有名气)

[交流] 学妹求助

请各位学长学姐,老师,专家等指点一下。非常感谢啊
1.NCBI基因组序列提交时,能提交包含 scaffolds 的序列文件吗?
测序公司给的基因组测序结果文件里(fna格式),含有几十个contigs 和十几个scaffolds.文件较大,我自己无法把contigs和 scaffolds分开。所以,提交序列时,能将contigs 和 scaffolds 一并提交吗?
2.能用什么方法来判定contigs里面有多少个chromosomes 和几个plasmids?
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lsy12

银虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
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5楼: Originally posted by hshhqu3 at 2015-11-13 20:43:07
不会编程呢。
perl 语言啊什么的不会哦。
刚接触生物信息。
本科不是学这方面的。读研跨专业了。所以,真心不懂啊。心爽。。...

新手可以学python现在,我也是跨考的,我现在学的python。另外你没师兄吗?

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
6楼2015-11-13 20:56:30
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lsy12

银虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
contigs和 scaffolds可以分开吧,把你的文件打开截个图看看
2楼2015-11-12 19:00:35
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hshhqu3

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by lsy12 at 2015-11-12 19:00:35
contigs和 scaffolds可以分开吧,把你的文件打开截个图看看

我传个文件给你看看哈。一个文件里不但有很多contigs,还有很多scaffolds. 怎么分离开啊。求指点啊。能将所有的contig是 序列提取出来吗?文件有几千页,手工是没法提取出contigs 序列的。
谢谢

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  • 2015-11-13 09:43:48, 5.61 M
3楼2015-11-13 09:43:50
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lsy12

银虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by hshhqu3 at 2015-11-13 09:43:50
我传个文件给你看看哈。一个文件里不但有很多contigs,还有很多scaffolds. 怎么分离开啊。求指点啊。能将所有的contig是 序列提取出来吗?文件有几千页,手工是没法提取出contigs 序列的。
谢谢...

我看了你的文件,这个分开很容易,编个简单程序就可以了。你是生信的?
4楼2015-11-13 11:07:19
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