应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 综合其他 » 学妹求助
71/1返回列表
查看: 876  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

hshhqu3

新虫 (小有名气)

[交流] 学妹求助

请各位学长学姐，老师，专家等指点一下。非常感谢啊
1.NCBI基因组序列提交时，能提交包含 scaffolds 的序列文件吗？
测序公司给的基因组测序结果文件里（fna格式），含有几十个contigs 和十几个scaffolds.文件较大，我自己无法把contigs和 scaffolds分开。所以，提交序列时，能将contigs 和 scaffolds 一并提交吗？
2.能用什么方法来判定contigs里面有多少个chromosomes 和几个plasmids？
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2015-11-10 14:58:34
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lsy12

银虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
contigs和 scaffolds可以分开吧，把你的文件打开截个图看看
赞一下 回复此楼
2楼2015-11-12 19:00:35
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hshhqu3

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lsy12 at 2015-11-12 19:00:35
contigs和 scaffolds可以分开吧，把你的文件打开截个图看看

我传个文件给你看看哈。一个文件里不但有很多contigs，还有很多scaffolds. 怎么分离开啊。求指点啊。能将所有的contig是 序列提取出来吗？文件有几千页，手工是没法提取出contigs 序列的。
谢谢
赞一下 回复此楼

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : 80715.fna
    • 2015-11-13 09:43:48, 5.61 M
3楼2015-11-13 09:43:50
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lsy12

银虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by hshhqu3 at 2015-11-13 09:43:50
我传个文件给你看看哈。一个文件里不但有很多contigs，还有很多scaffolds. 怎么分离开啊。求指点啊。能将所有的contig是 序列提取出来吗？文件有几千页，手工是没法提取出contigs 序列的。
谢谢...

我看了你的文件，这个分开很容易，编个简单程序就可以了。你是生信的？
赞一下 回复此楼
4楼2015-11-13 11:07:19
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hshhqu3

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by lsy12 at 2015-11-13 11:07:19
我看了你的文件，这个分开很容易，编个简单程序就可以了。你是生信的？...

不会编程呢。
perl 语言啊什么的不会哦。
刚接触生物信息。
本科不是学这方面的。读研跨专业了。所以，真心不懂啊。心爽。。
赞一下 回复此楼
5楼2015-11-13 20:43:07
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lsy12

银虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
5楼: Originally posted by hshhqu3 at 2015-11-13 20:43:07
不会编程呢。
perl 语言啊什么的不会哦。
刚接触生物信息。
本科不是学这方面的。读研跨专业了。所以，真心不懂啊。心爽。。...

新手可以学python现在，我也是跨考的，我现在学的python。另外你没师兄吗？

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
赞一下 回复此楼
6楼2015-11-13 20:56:30
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hshhqu3

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by lsy12 at 2015-11-13 20:56:30
新手可以学python现在，我也是跨考的，我现在学的python。另外你没师兄吗？
...

现在再去学计算机语言，来不及了。我现在是侧重后面的分析，发文章。另外，师兄不是研究生物信息这方面的的。导师也不懂生物信息。全靠自己啊。很纠结哦
赞一下 回复此楼
7楼2015-11-16 20:45:16
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 hshhqu3 的主题更新
71/1返回列表
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +4 且听虎啸 2026-08-17 5/250 2026-08-18 00:49 by 蔡棒棒菂
[基金申请] 欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律 +37 医学老男孩 2026-08-13 86/4300 2026-08-18 00:18 by longsantaizi
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +6 angus9576 2026-08-17 11/550 2026-08-17 23:57 by angus9576
[基金申请] filecode=后面第一个是大写字母 +8 wangze12014 2026-08-14 10/500 2026-08-17 17:05 by xter9665
[基金申请] 时间戳变了，能看出什么问题？ +4 基诺咪客 2026-08-17 4/200 2026-08-17 16:10 by Vivilian
[基金申请] 哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜？ +12 Ldrop2023 2026-08-13 15/750 2026-08-17 15:02 by 小豌豆_发芽
[基金申请] 今天系统多次维护，明天很可能放榜！ +8 zju2000 2026-08-16 9/450 2026-08-17 12:20 by lmz0216
[基金申请] 时间戳又变了8-15 +13 archvillain 2026-08-15 25/1250 2026-08-16 20:13 by zhaosm1982
[基金申请] 2027广东省杰青 +3 奶牛小黑 2026-08-15 6/300 2026-08-16 20:07 by 奶牛小黑
[基金申请] 快农历七夕节了，轻松一下，男人悄悄话，女施主请不要进来。 +3 Tide man 2026-08-14 3/150 2026-08-16 17:47 by jurkat.1640
[基金申请] 咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否 +7 启萌科技 2026-08-12 26/1300 2026-08-16 12:35 by 启萌科技
[基金申请] 有时候，自然基金真的不能太认真 （我的申报经验） +10 majunge000 2026-08-11 12/600 2026-08-16 08:18 by xli1984
[精细化工] 招聘 金属平磨液，抛光液研发工程师 +3 小天0311 2026-08-14 3/150 2026-08-16 07:31 by H9PLUS
[基金申请] 各位道友，我要去昆明玩几天，回来见。 +7 Tide man 2026-08-14 8/400 2026-08-15 01:11 by arzu_hma
[基金申请] 是这周出结果还是下周出结果？ +4 yuleib84 2026-08-11 4/200 2026-08-14 23:05 by lfy8008
[硕博家园] 读博的好处 +4 lnee 2026-08-11 4/200 2026-08-14 10:20 by ahsoarli
[基金申请] 不应该看fileCode +7 且听虎啸 2026-08-12 9/450 2026-08-13 14:27 by flydreamws
[基金申请] 结合人工智能，周易传统文化，filecode打分制来了，3分以上希望很大。 +3 Tide man 2026-08-12 4/200 2026-08-13 08:35 by ZJTJZ
[基金申请] 2019年青年基金涵评意见，大家看看几个A，几个B? +11 Tide man 2026-08-11 11/550 2026-08-13 07:35 by 撸猫猫
[基金申请] 什么时候出结果，有咨询渠道？？？ +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭