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yxtkttkl

新虫 (初入文坛)

[求助] 巢式PCR第二轮PCR总是出现非特异性条带,且目的条带不见? 已有3人参与

请教各位前辈,最近做巢式PCR,第一轮PCR效果非常好,第二轮PCR的时候用了5μl(3μl的也用过)第一轮PCR产物,在阳对、阴对(水)和样品中均出现了一条带,此带比目的条带小约十几bp(估计的),而目的条带没有发现(或有很暗很暗的一条),请教大家帮忙分析原因?
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动力泉

金虫 (正式写手)

有污染,建议buffer水等共用试剂全部换掉,二轮PCR时最好讲一轮产物稀释

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好好学习
2楼2015-11-10 13:59:58
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yxtkttkl

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 动力泉 at 2015-11-10 13:59:58
有污染,建议buffer水等共用试剂全部换掉,二轮PCR时最好讲一轮产物稀释

污染已经排除过了,我的引物是10uM的,加了0.5ul,25ul体系,不知道引物浓度是否偏高,另外,第二轮需要稀释多少倍合适呢?

发自小木虫Android客户端
3楼2015-11-10 14:41:57
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动力泉

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
不知该条带有没有测序确认,如没有可以测序看看;阴性对照有带污染无疑,建议将全部试剂换掉;根据一轮目的条带亮度确定稀释倍数,一般50-100倍

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好好学习
4楼2015-11-10 15:29:03
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hanxiaominhu

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
是否可以摸一下退火温度。按说巢式PCR第一轮的产物做模板的时候加的很少的,最多1uL,有时需要稀释10倍或者50倍加1uL,你的加那么多,正常情况P出来应该是弥散带了,而你的好像却不是很亮。
5楼2015-11-11 08:43:07
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hcf321283

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
1.阳性对照和阴性对照都出现条带,你就需要排查引物是否污染,mix或者单个组分是否存在污染。2.根据第一轮PCR条带的大小确定第二轮模板的量,一般0.1ng就够了,有可能还多!
6楼2015-11-11 15:44:20
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