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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 查找荧光假单胞菌的基因序列
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蠹鱼

木虫 (正式写手)

[求助] 查找荧光假单胞菌的基因序列 已有2人参与

我想购买了一株荧光假单胞菌，菌株编号 是JCM 5963(也等同于其他菌种库编号=ATCC 13525 =BCRC 11028 =CCUG 1253 =CIP 69.13 =DSM 50090 =LMG 1794 =NBRC 14160 =NCTC 10038）。我知道这株菌会表达产生一种酶，想从中PCR出这段基因，但是不知道序列信息，在NCBI上查询了，没有查到，所以没有办法设计简并引物。各位您否帮助查找这个模式菌株的全基因信息，或是在现在的情况下如何设计引物。O(∩_∩)O谢谢！能给很好的帮助的话，给您追加再次50金币！
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少一分浮躁，多一分踏实。少一分侥幸，多一分努力。
1楼 2015-11-07 21:51:48
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biosci

捐助贵宾 (知名作家)
自己这么克隆，很难拿到全长，没啥意思！瞎浪费时间，没效率！

发自小木虫Android客户端
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8楼2015-11-10 20:28:04
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
蠹鱼: 金币+1, 感谢参与 2015-11-08 16:50:27
NCBI库中并没有你这个菌株的基因组信息。你这是什么酶？有酶的蛋白序列吗？有蛋白序列可以限定物种为荧光假单胞菌做tblastn试试。
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2楼2015-11-08 14:26:35
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蠹鱼

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by stone2239 at 2015-11-08 14:26:35
NCBI库中并没有你这个菌株的基因组信息。你这是什么酶？有酶的蛋白序列吗？有蛋白序列可以限定物种为荧光假单胞菌做tblastn试试。

我这个酶除了已知菌种外，其他的都真不知道了。要是有蛋白序列，我就直接blastn了
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少一分浮躁，多一分踏实。少一分侥幸，多一分努力。
3楼2015-11-08 16:50:11
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 蠹鱼 at 2015-11-08 16:50:11
我这个酶除了已知菌种外，其他的都真不知道了。要是有蛋白序列，我就直接blastn了...

到底什么酶呢？总有个名称吧，这么机密就别到小木虫问来问了。
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4楼2015-11-08 18:31:54
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