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蠹鱼木虫 (正式写手)
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[求助]
查找荧光假单胞菌的基因序列 已有2人参与
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| 我想购买了一株荧光假单胞菌，菌株编号 是JCM 5963(也等同于其他菌种库编号=ATCC 13525 =BCRC 11028 =CCUG 1253 =CIP 69.13 =DSM 50090 =LMG 1794 =NBRC 14160 =NCTC 10038）。我知道这株菌会表达产生一种酶，想从中PCR出这段基因，但是不知道序列信息，在NCBI上查询了，没有查到，所以没有办法设计简并引物。各位您否帮助查找这个模式菌株的全基因信息，或是在现在的情况下如何设计引物。O(∩_∩)O谢谢！能给很好的帮助的话，给您追加再次50金币！ |
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蠹鱼
木虫 (正式写手)
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- 虫号: 1397080
- 注册: 2011-09-10
- 性别: GG
- 专业: 化学生物学与生物有机化学
3楼2015-11-08 16:50:11
2楼2015-11-08 14:26:35
4楼2015-11-08 18:31:54
【答案】应助回帖
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西门吹雪170: 金币+5, 鼓励回帖交流 2015-11-09 22:16:37
蠹鱼: 金币+10, ★有帮助 2015-11-12 17:22:14
西门吹雪170: 金币+5, 鼓励回帖交流 2015-11-09 22:16:37
蠹鱼: 金币+10, ★有帮助 2015-11-12 17:22:14
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思路： 1.将搜索范围限定为Pseudomonas fluorescens (taxid:294)，以该蛋白序列做tblastn； 2.在搜索结果中有多个该种不同株系菌的核酸序列匹配上； 3.根据匹配结果的位置信息，截取各菌株编码该蛋白的核酸序列，前后可以各延长200bp，加上编码区1000bp也就是1400bp； 4.用这几条1400bp核酸序列做多序列比对，在编码区前后找一致序列或同源序列； 5.根据找到的区域设计上下游引物，可以各设计两条，PCR时交叉使用，就是四个组合。 这样设计出的引物简并性比较低，甚至可能没有简并性，我建议这样做。 还有一种方法就是限定物种范围用该蛋白序列做blastp，下载匹配上的蛋白序列，做多序列比对，如果蛋白序列两端保守，可直接用两端序列设计简并引物进行扩增。如果保守区在序列内，那扩增出核酸序列后还要做序列延伸才能得到编码该蛋白的基因全长。 |
5楼2015-11-09 21:55:18