应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 查找荧光假单胞菌的基因序列
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
51/1返回列表
查看: 1030  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

蠹鱼

木虫 (正式写手)

[求助] 查找荧光假单胞菌的基因序列 已有2人参与

我想购买了一株荧光假单胞菌，菌株编号 是JCM 5963(也等同于其他菌种库编号=ATCC 13525 =BCRC 11028 =CCUG 1253 =CIP 69.13 =DSM 50090 =LMG 1794 =NBRC 14160 =NCTC 10038）。我知道这株菌会表达产生一种酶，想从中PCR出这段基因，但是不知道序列信息，在NCBI上查询了，没有查到，所以没有办法设计简并引物。各位您否帮助查找这个模式菌株的全基因信息，或是在现在的情况下如何设计引物。O(∩_∩)O谢谢！能给很好的帮助的话，给您追加再次50金币！
回复此楼

» 猜你喜欢
少一分浮躁，多一分踏实。少一分侥幸，多一分努力。
1楼 2015-11-07 21:51:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

蠹鱼

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by stone2239 at 2015-11-08 14:26:35
NCBI库中并没有你这个菌株的基因组信息。你这是什么酶？有酶的蛋白序列吗？有蛋白序列可以限定物种为荧光假单胞菌做tblastn试试。

我这个酶除了已知菌种外，其他的都真不知道了。要是有蛋白序列，我就直接blastn了
赞一下 回复此楼
少一分浮躁，多一分踏实。少一分侥幸，多一分努力。
3楼2015-11-08 16:50:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答

stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
蠹鱼: 金币+1, 感谢参与 2015-11-08 16:50:27
NCBI库中并没有你这个菌株的基因组信息。你这是什么酶？有酶的蛋白序列吗？有蛋白序列可以限定物种为荧光假单胞菌做tblastn试试。
赞一下 回复此楼
2楼2015-11-08 14:26:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 蠹鱼 at 2015-11-08 16:50:11
我这个酶除了已知菌种外，其他的都真不知道了。要是有蛋白序列，我就直接blastn了...

到底什么酶呢？总有个名称吧，这么机密就别到小木虫问来问了。
赞一下 回复此楼
4楼2015-11-08 18:31:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
西门吹雪170: 金币+5, 鼓励回帖交流 2015-11-09 22:16:37
蠹鱼: 金币+10, ★有帮助 2015-11-12 17:22:14
思路：
1.将搜索范围限定为Pseudomonas fluorescens (taxid:294)，以该蛋白序列做tblastn；
2.在搜索结果中有多个该种不同株系菌的核酸序列匹配上；
3.根据匹配结果的位置信息，截取各菌株编码该蛋白的核酸序列，前后可以各延长200bp，加上编码区1000bp也就是1400bp；
4.用这几条1400bp核酸序列做多序列比对，在编码区前后找一致序列或同源序列；
5.根据找到的区域设计上下游引物，可以各设计两条，PCR时交叉使用，就是四个组合。
这样设计出的引物简并性比较低，甚至可能没有简并性，我建议这样做。
还有一种方法就是限定物种范围用该蛋白序列做blastp，下载匹配上的蛋白序列，做多序列比对，如果蛋白序列两端保守，可直接用两端序列设计简并引物进行扩增。如果保守区在序列内，那扩增出核酸序列后还要做序列延伸才能得到编码该蛋白的基因全长。
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2015-11-09 21:55:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 348求调剂 +6 吴彦祖24k 2026-04-02 6/300 2026-04-02 14:07 by 给你你注意休息
[考研] 311求调剂 +14 蓝月亮亮 2026-03-30 14/700 2026-04-02 12:18 by 1753564080
[考研] 322求调剂 +5 熹僖XX 2026-03-31 6/300 2026-04-02 10:08 by 求调剂zz
[考研] 重庆大学材料与化工085600，初试370+，求求调剂建议 +5 shzhou_ 2026-04-01 6/300 2026-04-02 10:05 by olim
[考研] 一志愿南昌大学324求调剂 +12 hanamiko 2026-03-27 12/600 2026-04-01 22:34 by 运气yunqi
[考研] 296求调剂 +4 汪！？！ 2026-03-31 7/350 2026-04-01 22:04 by 客尔美德
[考研] 275求调剂 +12 waltzh 2026-04-01 12/600 2026-04-01 21:44 by chyhaha
[考研] 材料0856 英一数二 323 求调剂 +9 袁sy 2026-04-01 9/450 2026-04-01 14:30 by wangjy2002
[论文投稿] chinese chemical letters英文版投稿求助 120+4 Yishengeryi 2026-03-30 5/250 2026-04-01 14:11 by 陆小果画大饼
[考研] 材料与化工调剂一志愿大连海事085600，349 +9 吃的不少 2026-03-30 9/450 2026-04-01 11:24 by wangjy2002
[考研] 考研调剂 +9 小蜡新笔 2026-03-29 10/500 2026-03-31 19:52 by Dyhoer
[考研] 0856 335分 +9 cccchenso 2026-03-29 9/450 2026-03-31 16:37 by lishahe
[考研] 一志愿南昌大学324求调剂 +6 hanamiko 2026-03-29 6/300 2026-03-31 16:35 by hypershenger
[考研] 277跪求调剂 +8 1915668 2026-03-27 13/650 2026-03-31 14:58 by 王亮_大连医科大
[考研] 276求调剂 +3 赵久华 2026-03-29 3/150 2026-03-31 10:06 by cal0306
[考研] 哈尔滨工业大学材料与化工专硕378求调剂 +3 塔比乌斯 2026-03-30 3/150 2026-03-30 22:55 by 无际的草原
[考研] 抱歉 +4 田洪有 2026-03-30 4/200 2026-03-30 21:26 by mumin1990
[考研] 085701求调剂初试286分 +5 secret0328 2026-03-28 5/250 2026-03-30 12:54 by fangnagu
[考研] 081200-11408-276学硕求调剂 +6 崔wj 2026-03-26 6/300 2026-03-29 01:11 by hanserlol
[考研] 330一志愿中国海洋大学 化学工程 085602 有读博意愿 求调剂 +3 wywy.. 2026-03-27 4/200 2026-03-28 03:32 by fmesaito
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭