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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 查找荧光假单胞菌的基因序列
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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蠹鱼

木虫 (正式写手)

[求助] 查找荧光假单胞菌的基因序列 已有2人参与

我想购买了一株荧光假单胞菌，菌株编号 是JCM 5963(也等同于其他菌种库编号=ATCC 13525 =BCRC 11028 =CCUG 1253 =CIP 69.13 =DSM 50090 =LMG 1794 =NBRC 14160 =NCTC 10038）。我知道这株菌会表达产生一种酶，想从中PCR出这段基因，但是不知道序列信息，在NCBI上查询了，没有查到，所以没有办法设计简并引物。各位您否帮助查找这个模式菌株的全基因信息，或是在现在的情况下如何设计引物。O(∩_∩)O谢谢！能给很好的帮助的话，给您追加再次50金币！
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少一分浮躁，多一分踏实。少一分侥幸，多一分努力。
1楼 2015-11-07 21:51:48
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 蠹鱼 at 2015-11-08 16:50:11
我这个酶除了已知菌种外，其他的都真不知道了。要是有蛋白序列，我就直接blastn了...

到底什么酶呢？总有个名称吧，这么机密就别到小木虫问来问了。
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4楼2015-11-08 18:31:54
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
蠹鱼: 金币+1, 感谢参与 2015-11-08 16:50:27
NCBI库中并没有你这个菌株的基因组信息。你这是什么酶？有酶的蛋白序列吗？有蛋白序列可以限定物种为荧光假单胞菌做tblastn试试。
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2楼2015-11-08 14:26:35
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蠹鱼

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by stone2239 at 2015-11-08 14:26:35
NCBI库中并没有你这个菌株的基因组信息。你这是什么酶？有酶的蛋白序列吗？有蛋白序列可以限定物种为荧光假单胞菌做tblastn试试。

我这个酶除了已知菌种外，其他的都真不知道了。要是有蛋白序列，我就直接blastn了
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少一分浮躁，多一分踏实。少一分侥幸，多一分努力。
3楼2015-11-08 16:50:11
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
西门吹雪170: 金币+5, 鼓励回帖交流 2015-11-09 22:16:37
蠹鱼: 金币+10, ★有帮助 2015-11-12 17:22:14
思路：
1.将搜索范围限定为Pseudomonas fluorescens (taxid:294)，以该蛋白序列做tblastn；
2.在搜索结果中有多个该种不同株系菌的核酸序列匹配上；
3.根据匹配结果的位置信息，截取各菌株编码该蛋白的核酸序列，前后可以各延长200bp，加上编码区1000bp也就是1400bp；
4.用这几条1400bp核酸序列做多序列比对，在编码区前后找一致序列或同源序列；
5.根据找到的区域设计上下游引物，可以各设计两条，PCR时交叉使用，就是四个组合。
这样设计出的引物简并性比较低，甚至可能没有简并性，我建议这样做。
还有一种方法就是限定物种范围用该蛋白序列做blastp，下载匹配上的蛋白序列，做多序列比对，如果蛋白序列两端保守，可直接用两端序列设计简并引物进行扩增。如果保守区在序列内，那扩增出核酸序列后还要做序列延伸才能得到编码该蛋白的基因全长。
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5楼2015-11-09 21:55:18
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