24小时热门版块排行榜

返回列表

当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

biancheng159

铜虫 (正式写手)

应助: 5 (幼儿园)
金币: 6166.3
散金: 31
红花: 4
帖子: 849
在线: 500.8小时
虫号: 1691619
注册: 2012-03-14
性别: GG
专业: 高分子物理与高分子物理化

[求助] MS粗粒化模拟, NPT-MD模拟所得轨迹很奇怪，模型一直往盒子外跑？已有1人参与

模拟结果见附件视频或gif。

我按照MS教程构建了一个与盒子一样大的slab，里面放了若干聚合物链和溶剂珠子，优化完后跑了500ps NPT-MD，查看轨迹时发现它这个模型不停的往盒子外跑，用NVT-MD试后还是这样。
初步认为建模过程(步骤如下)有问题，群里哪位前辈指导点拨一下？

steps.jpg

runaway.gif

回复此楼

» 本帖附件资源列表

欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com
附件 1 : runaway.avi

2015-11-07 10:57:46, 771.45 K

附件 2 : runaway.gif

2015-11-07 10:58:10, 1.69 M

» 猜你喜欢

基金委咋了？2026年的指南还没有出来？已经有4人回复
纳米粒子粒径的测量已经有8人回复
疑惑？已经有5人回复
国自然申请面上模板最新2026版出了吗？已经有14人回复
计算机、0854电子信息（085401-058412）调剂已经有5人回复
Materials Today Chemistry审稿周期已经有5人回复
溴的反应液脱色已经有7人回复
推荐一本书已经有12人回复
基金申报已经有4人回复
常年博士招收(双一流，工科) 已经有4人回复

so,hu r u?

1楼 2015-11-07 10:44:47

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

abinitio

版主 (著名写手)

模拟EPI: 2
应助: 221 (大学生)
贵宾: 0.093
金币: 7365.2
散金: 3917
红花: 57
帖子: 1317
在线: 485.2小时
虫号: 368545
注册: 2007-05-11
性别: GG
专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
管辖: 分子模拟

引用回帖:

6楼: Originally posted by biancheng159 at 2015-11-09 09:10:29
谢abinitio老师。

不过，选择in cell 后还是这样的情况。

abinitio老师提到的周期性边界条件倒是值得注意，因为通过build mesostructure建模确实没有PBC选项(貌似)。

俺再研究下。...

无法帮助，因为的确好长时间没有用ms了。@月只蓝版主好象对ms比较熟